需要注意的，上述的法定事由仅局限于审判机关——法院，对于侦查机关不适用。这是由侦查和审判行为的特点所决定的，二者受地域限制的程度不同，一个案件可以移交到任何地区的法院审理，审理结果虽然因为办案人员的主观原因会存在一定的差异，但是从结果的真实性和公正性角度看，区别是不大的。而侦查行为则会受到地域的限制。首先，刑事案件的侦查只可能在刑事案件发生地进行，无法转移。其次，由于侦查是对犯罪行为事实的再现，在侦查过程中，侦查人员必须要熟悉案件发生地的环境、习惯、居住人员情况等。因此，以上述法定事由提出管辖权异议，由异地侦查机关到案件发生地侦查，显然是不现实的。
4．管辖权异议的提出，应该在法定的期间内
刑事诉讼当事人在刑事诉讼中应该享有提出管辖权异议的权利，但是当事人的异议权并不是没有限制的，一方面从提出异议理由上对当事人提出异议的合法性进行限制。另一方面，也要从期限上予以限制，防止当事人怠于行使权利，不利于刑事诉讼进行。因此，在设定法定期间的时候，既要保证能够使当事人有充分的时间来行使权利，又要注意节约司法资源，提高诉讼效率。基于这个原则，笔者认为，对于侦查机关的管辖权异议应该在侦查结束前提出，对于审判管辖中管辖权异议的提出应该只能在一审中，且在实质审判开始之前提出，也就是在法庭调查之前提出，过了法定期间，当事人就无权再提出管辖权异议。
5．当事人对于管辖权提出的异议应该由受理法院的上级司法机关处理
当事人对管辖权提出的异议，法院必须受理，受理后应该交给上级司法机关处理，原受理司法机关无权对管辖权异议问题作出裁决。这是因为大凡受理案件的司法机关，必然认为自己对案件享有管辖权，而且除了个别特别棘手的案件由于某种原因司法机关不愿受理外，司法机关受理案件是有益无害的。所以，当事人向受理的司法机关提出管辖权异议的行为，无疑就是“与虎谋皮”，由此又会导致两个后果：首先，受理的司法机关主观上会产生当事人不老实，想借此逃避惩罚的印象，无形中影响到以后的诉讼活动，不利于最终对当事人作出公正裁决。其次，当事人由于害怕司法机关的报复，也不敢提出管辖权的异议，使规定形同虚设。因此，当事人对于侦查机关管辖权提出的异议，应该由上级侦查机关裁决，当事人对于法院审判管辖的异议，应该由上级法院裁决，而且最高院也应该设立处理管辖权异议的专门机关，统一处理有关管辖权问题的上诉案件，由此，才能真正实现程序上的独立，将管辖权异议制度落到实处。
6．当事人提出管辖权异议的救济制度
完善的管辖权异议制度不但要有完善的执行制度，还要有完善的救济制度。对于当事人的管辖异议权的救济可以分两个途径：（1）对于驳回管辖权异议的诉讼救济途径。如果是侦查机关驳回当事人的管辖权异议，当事人有权向作出驳回决定的侦查机关的同级法院起诉，此诉讼为一审终审制，如果是法院驳回当事人关于管辖权的异议，当事人有权向作出裁定法院的上级法院上诉，此上诉结果是终审裁决。（2）违反管辖规定的后果，侦查机关违反管辖侦查的案件，所做出的侦查结果无效，由享有管辖权的侦查机关另行侦查，法院违反管辖权的规定作出的判决属于审判程序错误一类，应该交由有管辖权的一审法院重审。
