即使在一些地域职务犯罪侦查中适用取保候审比率较高，也不是无罪推定和权利保障等诉讼原则获得普遍认同的结果，而是以下因素在起作用：其一“， 立案指标”对取保候审适用的冲击。检察机关每年要进行自上而下的考核，其中职务犯罪立案数量是一个重要的绩效指标。为了完成甚至超越该指标，检察机关往往放宽立案条件，提升立案数量，但由其带来的风险是因错误拘留、逮捕引发的赔偿及因错案导致的责任追究。采取取保候审可以缓解这种矛盾关系，既提升了立案数量，又可避免因错误拘留、逮捕引发的赔偿。其二，对行贿人等取保候审条件的异化。在立法未放宽对行贿人等取保候审条件的情形下，一些取保候审个案成为检察机关与行贿人之间“协商”的产物，检察人员往往允诺对主动坦白交代受贿人的行贿人适用取保候审，而疏于对人身危险性、涉嫌犯罪轻重及对抗强制措施能力的判断。
除了取保候审适用率外，在职务犯罪侦查中，保证方式的有效性问题也十分突出。基于犯罪嫌疑人非诚信的一般性推定，检察机关往往通过财保并收取较高数额保证金以防止其违反法定义务，这导致的后果是：取保候审形式单一，保证金担保的占案件总数的多数；存在收取高额保证金现象。[7]
取保候审的执行状况也不容乐观。由于职务犯罪侦查中取保候审的决定权和执行权相分离，公安机关对职务犯罪案件取保候审的执行基本上放任不管，不加约束，其中绝大多数案件实际上都由检察机关侦查部门自己进行。在执行中，主要依靠电话联系或者叫其定期到检察院报告情况等传统方式，难以对被取保候审人是否遵守法定义务实行有效监控。
3.监视居住
在职务犯罪侦查中，绝大多数办案机关基本不适用监视居住，使通过监视居住在拘留、逮捕和取保候审之间设置一种衔接性强制措施，以减少羁押率的立法初衷基本落空。调研显示，2000年至2004年，A地人民检察院适用监视居住仅为1人，B地适用监视居住人数为0 。
虽然一些检察机关在职务犯罪侦查中也适用监视居住，但其法律功能发生了异化。由于在职务犯罪侦查中监视居住的决定权和执行权相分离，公安机关对职务犯罪案件监视居住的执行也基本上放任不管；一些检察机关为了规避拘传12小时法定期限的束缚，借公安机关监视居住的手续即“委托函”——写明公安机关委托反贪局执行监视居住——来达到延长控制犯罪嫌疑人时间的目的。
在职务犯罪侦查中，适用监视居住最为突出的是执行地点问题。《刑事诉讼法》第57条关于执行地点的规定是：“执行监视居住的场所是被监视居住的犯罪嫌疑人、被告人的住处，无固定住处的执行场所是执行机关指定的居所”。应当说，立法明确了执行地点“以固定住处”为原则，但办案人员往往将“固定住处”与“指定居所”理解为并列关系，并多选择在“指定居所”执行。其理由是：如果严格按照法律的规定适用监视居住，难以防止犯罪嫌疑人利用各种手段干扰侦查、毁灭或伪造证据。所以，许多检察机关将监视居住的执行地点选择在便于控制的地方(通常在宾馆或酒店) ，派人轮流看管，同吃同住，昼夜监视，不准其外出。这种执行方式实际上异化为变相监禁，不仅侵犯人权，而且也增加了检察机关和犯罪嫌疑人的经济负担。[8]
4.拘留
在职务犯罪中拘留被广泛使用，其主要作用体现为严格控制嫌疑人人身、获取证据信息、查明案情。[9]根据《刑事诉讼法》第61条第四项、第五项规定，拘留适用于犯罪嫌疑人“犯罪后企图自杀、逃跑或者在逃的”、“有毁灭、伪造证据或者串供可能的”，而对于缺乏监听等技术侦查手段和有效控制能力的检察机关来说，上述判断的作出无疑具有极强的主观性和随意性，缺乏准确性和及时性。
在拘留适用中，关于期限的问题争议最大。许多办案人员抱怨拘留羁押期限过短。但这种紧张关系的实质在于：许多检察机关将侦查阶段的调查取证活动前移，人为提高拘留、逮捕的标准，甚至与定罪标准持平，俗称“够拘就够捕就够判”，这无疑使得拘留之后的提请批准活动和审查逮捕活动异化成“审判活动”。不难发现，拘留作为一种紧急措施的立法预设被曲解，这种背离无疑加重了拘留羁押期限的负荷。为此，检察机关往往由自侦部门与批捕部门共同使用14天期限，来缓解拘留期限的“局促”。有的检察机关没有完整地理解《刑事诉讼法》第61条、第69条和第132条的规定，机械适用第69条，出现适用30天提请审查批捕期限的情形。
