故意伤害案件在调查取证和证据运用上的这些困难，使得一些司法机关宁愿选择促成双方和解的方式来解决案件，而避开那种正式的刑事诉讼程序。通过提供一种非刑事化处理的理想方案，司法机关可以激励加害方放弃那种希望渺茫的“无罪辩护”而认罪悔过，并向被害方提供高额的经济赔偿；司法机关也可以告知被害方选择刑事处理的风险：因为现有证据确实难以证明究竟是谁的行为造成其伤害后果，因此案件一旦进入审判程序，法院很难作出有罪判决，民事赔偿也将因此没有履行的希望。由于控方在双方和解过程中尚无充分证据证明加害人的行为造成了伤害后果，所以司法机关更愿意促使双方达成和解并根据其和解协议来作出非刑事化的处理，这也是司法机关乐于推动刑事和解程序的重要动力。
当然，我们并不是说司法机关都是因为案件证据不足才选择了刑事和解程序。事实上，不少轻伤害案件不仅事实清楚，加害人也做出了有罪供述，认定案件事实的证据是没有问题的。司法机关对双方达成和解的案件按照非刑事化方式处理，确实有着维护社会和谐、化解社会冲突的动机。不过，至少在一部分案件中，检察机关、法院遇有那种难以查明伤害责任归属的轻伤害案件，是愿意选择刑事和解程序作为结案方式的。对于这种足以使冲突双方都感到满意、也并不过分损害国家和社会利益的纠纷解决方式，司法机关何乐而不为呢？
（三）社会和谐的达成
传统的刑事司法制度注重有罪必罚，强调对有罪者刑事责任的有效追究。对于那些“有证据证明有犯罪事实、可能判处有期徒刑以上刑罚”的轻伤害案件、过失犯罪案件，检察机关通常都会批准逮捕和提起公诉，法院也通常都会做出有罪判决。而被告人一旦被做出有罪判决，往往对经济赔偿问题也采取极为消极的态度。结果，法院不仅在附带民事判决中难以要求提供较高数额的民事赔偿，而且也根本无法保证这样的民事赔偿能得到有效的履行。这种在民事判决中过于迁就被告人、对民事判决中的执行十分不力的情况，造成被害人心理失去平衡，对司法机关产生失望甚至不信任的情绪。一些受到犯罪人的侵害而存在身心创伤的被害人，由于不满法院的裁判和执行结果，往往会向上级国家机关提出申诉，或者前往省级国家机关甚至中央国家机关进行越级上访。而这种申诉和上访活动往往会对社会的和谐稳定产生一定的消极影响。[29]
造成被害人申诉、上访的原因除了经济赔偿数额太少和难以履行以外，还有公检法机关在处理案件过程中的拖延和效率低下问题。无论是检察机关的批准逮捕还是法院的定罪，都要求查清究竟是谁的行为造成了被害人的伤害后果，否则，刑事诉讼的进程就无法继续进行。但故意伤害案件经常存在双方各执一词、侦查人员取证困难的问题，在证据问题无法得到解决的情况下，司法机关难以做出明确的处理，导致案件久拖不决。于是，对司法机关的处理方式心存不满的被害人，就可能走上申诉、上访的道路，以求得到问题的迅速解决。
刑事和解程序的采用，使得被害人与加害人通过面对面的交流，获得加害方真诚的道歉和谢罪，也有了获得高额经济赔偿的可能。通过与正式的刑事诉讼程序相对比，被害人会觉得与其被动地等待司法机关的刑事处理，消极地承受法院所给予的“空头支票”，倒不如接受加害方主动提供的和解意愿，与其进行平等的协商。被害人由此既可以得到加害方的真诚赔罪，也可以争得一笔在审判程序中根本不可能得到的理想赔偿。因此，只要真正自愿地参与刑事和解过程，并真心地接受最后的和解协议；只要这些和解协议的内容都能得到顺利的履行，被害人通常都会平息愤怒，消除对加害人的怨恨，心平气和地接受自己亲自争取而来的非刑事化处理方案。在这种情况下，被害人提出申诉和进行上访的可能性也就微乎其微了。
根据北京市检察机关的实证研究结果，从2003年7月1日至2005年12月31日，在北京市七个区检察机关受理的全部轻伤害案件中，通过刑事和解结案的共有667件，适用率为14．5%；通过刑事和解被不起诉的嫌疑人有14%；检察机关经过刑事和解程序，移送公安机关撤销案件的共有534件，占全部刑事和解案件的80．1%；检察机关直接作相对不起诉的案件有129件，占全部刑事和解案件的19．3%。通过对七个区检察机关的十五名主管检察官的访谈，调查者发现他们普遍对刑事和解的效果表示满意。调查还显示，在检察机关作出和解不起诉的案件中，没有出现任何一个当事人提起申诉和上访的现象，也没有一个当事人将经和解结案的案件重新提起自诉或民事诉讼。[30]
四、刑事和解对传统刑事诉讼理论的挑战
刑事和解制度的出现，不仅标志着一种新型刑事诉讼模式的产生，而且也使得那种建立在国家与被告人两造对抗基础上的传统刑事诉讼理论，受到了前所未有的挑战。假如我们不是站在教条主义的角度，将一切现存的刑事诉讼原则和主义都奉为“放之四海而皆准的真理”的话，那么，刑事和解作为中国刑事司法制度“自生自发”地发展而出的司法模式，应当被认为具有深厚而坚实的现实土壤，法学研究者应当从这一刑事程序所反映的问题出发，对现有的主流理论进行深刻的反思。针对中国刑事司法的问题，将刑事和解的司法模式上升为一般的理论，这或许将是中国法学家有可能作出的独特贡献。
（一）对抗性司法与合作性司法
传统的刑事诉讼理论建立在国家追诉主义基础之上，强调国家对犯罪者的有效治罪和刑罚权的统一行使，将国家公诉机构与被告人置于完全对立的地位，要求法院作为“中立的裁判者”，在控辩双方之间维持公正的审判和公平的游戏。这种强调两造对立的司法模式，奉行程序正义的司法哲学，要求“任何人不得担任自己案件的法官”、“裁判者要同时听取双方的陈述”，任何裁判结果的形成过程都要确保当事人的充分参与和平等武装。[31]从贝卡里亚以来，无罪推定被封为刑事诉讼的黄金定律，法律通过建立推定而免除了被告人证明自己无罪的责任，国家公诉机关要推翻无罪推定，就必须承担证明被告人有罪的责任，并需要达到令人信服的最高证明标准，否则，法官就应当作出有利于被告人的解释。在法庭审判程序中，从公开审判、直接审理和言词审理原则，到律师辩护、上诉制度以及回避和管辖争议的解决，无一不体现了保证控辩双方“平等对抗”的宗旨。在近期的刑事诉讼立法运动中，中国法学者普遍倡导的任何人不得被强迫自证其罪原则、沉默权规则、非法证据排除规则、律师在警察讯问时在场制度、证据展示制度等，也几乎都是为维持对抗性司法所做出的制度改革的努力。
毫无疑问，上述这些基本理念和制度设计，几乎都与国家启动刑事追诉程序、被告人作无罪辩护有着密切的联系。假如嫌疑人向侦查人员作出了有罪供述，假如被告人在法庭上放弃了无罪辩护，上述这些司法理念就失去了存在的意义。而在中国刑事司法实践中，在侦查阶段作有罪供述的嫌疑人通常都在95%以上，在法庭上放弃无罪辩护的被告人一般也不低于80%。所以，那种建立在国家与被告人两造对抗基础上的理想司法模式，在绝大多数刑事案件中势必成为“镜中之花”、“水中之月”。在大多数刑事诉讼过程中，国家公诉机构与嫌疑人、被告人并不处于完全对立的地位，而有着进行各种合作的可能性。例如，在轻微刑事案件中，被告人一旦自愿认罪和认可检察官指控的罪名，法院可以在征得检察官同意的基础上适用简易程序，检察官在这种程序中将放弃出庭支持公诉，而由法官直接对被告人适用刑罚；而对于普通刑事案件，被告人一旦自愿认罪，法院则可以采用“普通程序简化审”模式，在征得检察官同意的情况下，对被告人从轻量刑；对于那些存在立功、自首、初犯、退回赃款赃物等情节的被告人，检察官在发表公诉意见时经常主动要求法院“在量刑时考虑上述情节”；在审查起诉阶段，对于那些有认罪悔过表现的嫌疑人，检察机关还可以放弃提起公诉的权力，而采取暂缓起诉、不起诉等处理方式……
