（二）税务诉讼中的司法审判独立性的缺乏
由于税法的规定既要确保税收收入，又要与司法的秩序相协调；既要尽量减少对经济的不良影响，又要体现出适度的调控，因而税法具有较强的技术性。[12]税法的技术性和专业性特征要求涉税案件的审理需要由熟知税法的法官进行审理。但实际上我国当前极少精通税法的法官，法官在审理税务案件遇到疑难问题时常常是向税务机关进行咨询，在进行判决时基本上是按照税务机关的意见来判决案件，导致税务案件中司法机关对税务机关的依附关系。欠缺相应的财税知识的法官在案件的审判过程中无法进行独立的法律判断和事实判断，进而根据价值选择作出独立的法律认定，解决涉税争议。由于对税收征管纠纷应当首先经过税务机关的行政复议，缺乏专业性判断的法官在审理案件时，也就不自觉的依赖于税务机关所作出的行政复议决定的观点，从而使法官的中立性受到干扰。表面上看来是法院在审理案件，实际上是税务机关在审理案件。于是，在税务机关滥用职权以及税务机关工作人员与纳税人共同实施偷税等行为造成税收流失的情况下，法官对税务机关的专业性的不自觉的依赖往往导致了此种税收违法行为无法得到司法的纠正，更说不上流失税款的重新征收入库了。专业知识成为司法介入的巨大障碍，成为税务机关维护自己利益的防线。[13]
（三）税务行政诉讼程序的启动受到诸多的限制
我国《行政诉讼法》第41条规定，认为具体行政行为侵犯其合法权益的公民、法人或其他组织可以提起行政诉讼。因此，纳税人作为税务机关征管行为的直接相对人，如果认为其合法权益受到侵害，有权提起行政诉讼。《最高人民法院关于执行<中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》第12条规定，与具体行政行为有法律上利害关系的公民、法人或者其他组织对该行为不服的，可以依法提起行政诉讼。但在该司法解释中，对何为“法律上的利害关系”并没有作出更明确的规定，仅规定其中若干特定情况下的“利害关系”。就税收征管来说，税务机关滥用职权少征税款、缓征税款、免征税款的行为，该征管行为对行为所指向的纳税人具有某种程度的“授益性”，该纳税人自然没有对税务机关的此种违法行为提起诉讼的自觉性。但该征管行为所指向的纳税人以外的其他公民，能否对税务机关滥用职权造成税收流失的行为提起行政诉讼，则存在法律资格上的障碍。同样，对于税务机关工作人员截留税款而造成税收流失的行为，同样由于缺乏直接的相对人和利害关系人，也无法通过行政诉讼的方式予以纠正，所流失的税款也无法通过正当的司法途径予以追缴。
同样，税收争议也因为我国当前行政诉讼受案范围的限制而无法进入行政诉讼程序中。由于我国税收制度的不规范，使得没有税收优惠减免权的地方和部门也制定出一些违反税法统一规定的税收优惠减免政策，导致税收流失。这些税收优惠减免政策往往以规范性文件的形式出现，以其普遍性和反复适用性造成了更大规模的税收流失。国家税务总局在1996年执法检查中共查处违反税法统一规定的涉税文件达901份，在未完全得到纠正的情况下，就已经补缴税款入库7.28亿元，清理欠税13.14亿元。[14]尽管滥用税收优惠权的抽象行政行为给国家财政收入造成了巨大的损失，但由于抽象行政行为被排除在行政诉讼的受案范围之外，滥用税收优惠权的抽象行政行为同样无法进入司法程序中，接受司法审查。而只要这种抽象行政行为的违法性得不到确认，则因此而流失的税款便无法加以追缴。
