征税权是国家参与国民财富分配、自国民手中无偿让渡财产的权利，由此与纳税人必然存在权利的矛盾与冲突。纳税人有使其自身的纳税义务最小化而保留更多的税后剩余财产的驱动力，在税额的确定上必然与税务机关有所分歧。在纳税人无法认可税务机关所核定的税额的情况下，税收争议的发生不可避免，纳税人也因此拒绝纳税义务的履行。税务机关与纳税人之间的纠纷尽管可以通过行政复议等方式解决，但由税务机关作为纠纷解决的主体，难免有为自己的法官的嫌疑。因此，由司法机关作为独立的纠纷解决主体能够更为客观和公正的解决征纳双方的纠纷，及时确定税务机关和纳税人之间所各自享有的权利和义务，以司法机关的独立审判保证税务机关征税权行使的权威性，促使双方及时行使权利和履行义务。
三、税务诉讼的缺失与税收流失司法防治的不足
如前所述，司法机关在治理税收流失中同样有其应有的作用。但受我国司法制度的限制，司法救济作为税收流失的事后补救措施的作用非常的有限，存在着税收流失司法防治的不足。
（一）税务机关在税务诉讼中的地位缺乏明确的规定[10]
我国当前的司法制度并未对税务案件规定单独的适用程序，根据《刑事诉讼法》的规定，刑事案件的侦查由公安机关进行，国家工作人员利用职务的犯罪则由人民检察院立案侦查。因此，纳税主体实施的危害税收征管罪以及违反票证管理的有关涉税犯罪由公安机关立案侦查，征税人员实施的渎职罪和贪污贿赂罪[11]由人民检察院立案侦查。我国《税收征管法》第77条、《行政处罚法》、《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》也仅仅规定了税务机关在认为税收违法行为涉嫌构成犯罪时的移送义务。除此以外，对税务机关在刑事诉讼程序过程中的地位和作用则没有任何涉及，税务机关并不作为诉讼参与人参加涉税案件的审判。对造成税收流失的违法犯罪行为，国家的征税权已经受到侵害，作为代表国家行使征税权的税务机关实际上是权利受到侵害的主体，而在刑事诉讼的审判过程中，税务机关并不以受害人的身份参与到诉讼中，便无法通过诉讼程序的参与积极主张征税权所受到的侵害及侵害的程度和范围，这在很大程度上也限制了税务机关征税权凭借司法强制力的积极行使。
税务机关在刑事诉讼程序中法律地位的不明晰同样体现在刑事附带民事的提起。《刑事诉讼法》第77条规定，被害人由于被告人的犯罪行为而遭受物质损失的，在刑事诉讼过程中，有权提起附带民事诉讼。如果是国家财产、集体财产遭受损失的，人民检察院在提起公诉的时候，可以提起附带民事诉讼。在税务机关工作人员的少征税款、纳税人的偷税等违法行为导致税收流失的情况下，国家的税收利益已遭受重大损失。那么，应当由税务机关作为国家这一被害人的代理机关提起附带民事诉讼还是由人民检察院在提起公诉时提起附带民事诉讼，则法无明文规定。由于税务机关能否提起附带民事诉讼缺乏明确的规定，使得涉税案件的审判过于偏重对刑事责任的追究，而忽视了对违法行为所造成的税收流失后果的事后补救，税务机关无法在追究相关的涉税违法行为的刑事责任的同时积极主张其征税权的行使。
