3、刑事政策的偏向。刑事政策往往影响刑事司法的基本价值取向，有时，出于特定的社会管理需要，刑事政策可能超越法律的范围和限度，同时，为巩固社会秩序，可能对刑事诉讼程序产生重大影响，此外，刑事政策具有阶段性、临时性的特点，可能违背法治原则，导致对刑事政策的滥用，如长期以来，由于社会治安形势严峻，在对刑罚功能的认识上出现急功近利的思想，以为“抓一批、关一批、杀一批”就能解决社会治安问题，一部分司法人员受这种思想的影响，在司法实践中出现了单纯打击犯罪，忽视对犯罪嫌疑人、被告人的人权保护，过分追求实体结果的达到，轻视公正秩序的落实，偏信有罪供述，无视无罪，罪轻的辩解，过份依赖口供，忽视其他证据的收集等现象，在这种错误理念的指导下，极易先入为主，“进门三分罪”，最终酿成错案。

　　4、司法机关功能抑制。分工负责、互相配合、互相制约，这是调整公检法三机关之间关系的一项基本原则。但在司法实践中，由于种种原因，三机关之间出现分工不明、配合不足，制约不力的现象，分工上或互相扯皮、推诿或一家代三家，一长代三家；配合上有时脱节，如公安机关在一些案件的证据收集上存在问题，该提取的物证，物证未能及时提取，导致案件到了法院认定犯罪事实都有问题；制约缺乏刚性，如三机关为了避免弄僵关系，有时不得不妥协迁就，即使坚持原则，也采取十分谨慎的方式，一般不使用决定不捕、决定不起诉、无罪判决或抗诉等程序制约的法律措施，而使用商量撤案、劝说撤诉、自查纠正等“软方法”。上述现象的存在，导致司法机关之间力量相互抵触，在一上程度上妨碍了司法活动的正常运行。

　　5、司法队伍的薄弱。司法队伍职业化程度不足制约了刑事司法活动的顺利发展。主要表现在：（1）业务素质普遍不高。由于长期缺乏职业准入的约束，司法工作人员大多来源于招工招干和军转安置，没有受过系统教育和专业化训练，很难对案情作出正确判断，对法律予以正确理解和适用。（2）职业道德约束机制不健全。司法实践中，部分司法工作人员不能严格执行法律，在程序或实体上背离法律，刑讯逼供，枉法裁判的情况时有发生，司法专横、司法武断、司法腐败等现象在少数司法人员身上表现较为突出，导致司法公信力降低，严重损害司法权威。

　　6、物质条件的落后。司法机关办理案件不但要靠专业技能知识，在很大程度上，还依赖甚至取决于物质装备条件和现代科技成果的拥有及应用水平。近年来，司法机关的物质装备建设和科学技术含量有了改善，然而长期困扰司法机关的经费问题仍然没有得到根本解决。经费不足，工作和福利条件差，在一定程度上影响了司法工作人员的情绪和办案工作的质量，可以说，物质装备仍是妨碍司法机关尤其是中西部地区司法机关发展的瓶颈。