第一，致力于实现博弈双方主体地位的平等。我国大陆的《教育法》和《高等教育法》关于自治权的主体规定为“学校”和“高等学校”，而《高等教育法》又规定学校的法定代表人是“校长”。其中，并没有进一步明确学术自由权的主体。[56]因此，在实践中，不论是学术自由权还是行政管理权，其主体都可能是行政机构或人员。而学校内部的章程对这两种主体的机构设置和人员配置都不明确。[57]“我国大陆高校内部管理机构的职权，往往是习惯性的或者沿袭下来的，至多由一个学校批准的内设机构职责范围所规定。至于各种内设机构的职权界定以及在何种问题上代表学校行使职权，并不严格规定在学校的章程中。”[58]所以，大学自治权内在结构中的博弈双方在法律地位上并不平等，缺乏公平博弈的基本前提。
因此，需要依靠法制来提升大学自治权内在结构中学术自由权主体的法律地位。一是对于纯粹属于学术自由的事项可以在教育法律、法规中明确其权利主体是学术人员。比如上文所归纳的第2类和第3类事项。二是对于可以由学术力量和行政力量共同支配的事项，不宜在教育法律、法规中明确其主体。但可以由各个学校在大学章程中根据本校的实际情况予以适当明确。比如，关于学生是否应当成为学习自由权的主体问题，笔者认为就应由大学在法律范围内根据各个学校的自身情况来自主决定，在大学章程中予以明确。三是在教育法律、法规中明确法律主体归属的基本原则。要确立学术事项由学术人员主导、行政人员有限参与的原则和行政事项由行政人员主导、学术人员有限参与的原则。这是对那些学术力量和行政力量可能共同支配的事项进行判断的指导原则。比如，上文所归纳的第4类、第5类和第7类事项，到底体现应由哪方主导，需要根据这一原则具体情况具体分析，而不宜在教育法律、法规或大学章程中予以明确。
第二，致力于促进双方博弈规则的完善和公平。在大学自治权的内在结构中，行政管理权更多的体现为一种权力，而学术自由权更多地体现为一种权利，天然地处于弱势地位。这种弱势地位造成了双方之间的许多不公平现象。如行政管理权的行使缺乏法律规范，或超越权限，或不遵守正当程序；行政管理权主体完全决定学术人员的福利、保障等，学术人员缺乏参与权；在共同支配的事项领域，行政管理主体单方决定，不听取相关学术人员的意见。
因此，需要依靠教育法制来维护大学自治权内在机构中博弈的公平进行。一是要以教育法制来规范行政管理权的行使。比如，在田永诉北京科技大学案中，学校败诉的原因包括两点：一是学校对原告的退学处理未得到实际执行，二是没有遵循基本的程序要求。[59]这集中反映了高校内部管理权行使的失范和失控。所以，既要完善有关的内部规章制度，又要遵循正当的程序来行使行政管理权。二是要建立双方民主参与制度。要实现自治权内在结构双方的互动，就必须有一种参与机制。对重大的行政事项，可能会影响到学术人员的相关利益，应当给予适当的参与，并且其意见能够对这些事项的决策产生一定的影响。反之，对有些学术事项，需要行政管理权力的配合和保障，也应该给予行政人员参与机会，使双方能够更好地协调。三是要对共同支配的事项建立相互协商制度。对于这些事项，应当由双方通过民主协商，达成一致后来作出决定。另外，需要指出的是，促进博弈的公平也需要对学术人员进行规范化。但是，只要其对学术自由权（利）的行使不违反国家法律，对不正当行使这种权利的行为基本上属于学术伦理调整的范围。
第三，致力于发挥司法审查对博弈机制保障功能。近些年来，我国关于高等教育的行政诉讼案件层出不穷。如1998年的田永诉北京科技大学案、1998年齐凯利诉北京科技大学案、1999年初的张旺诉东南大学案、1999年末的刘燕文诉北京大学案、2000年余丹丹诉襄樊学院案、2001年黄渊虎诉武汉大学案等。但是，至今为止，无论是在理论界还是司法界，关于大学自主权事项是否应该受司法审查的认识仍然没有得到完全统一。如在2004年闵迪诉苏州大学招生工作中不作为的案件中，法院驳回了原告的起诉。其理由就在于“根据教育法的规定，学校招收录取考生的行为是自主管理的行为，不属于行政管理权的范畴。……苏州大学是否录取闵迪属于学校自律权的范畴。因此，被告依据招生章程确定是否录取原告的行为，不是行政行为，不具有行政法意义上的可诉性。”[60]这一理由潜含的逻辑就在于保障大学自治，却没有认清大学自治权的内在结构，没有认识到其中的行政管理权也可能成为压制大学自治的力量。事实上，对大学自治权内在结构中行政管理权的司法审查可以更加有利地保障学术自由，它应当是大学法治化和现代化的一个重要标志。“对高校内部行政权力的司法审查，不仅在其实际应用时可以保障权力相对人的合法权益，而且由于司法审查的存在，势必对高校管理人员产生一种心理压力，可以促使他们更加谨慎地行使权力，规范管理行为，自觉地按法治精神办事。”[61]
因此，需要进一步发挥司法审查对大学自治权内部博弈机制的保障功能。一是按照法治原则的要求来审查大学的内部规章制度。《教育法》第28条规定，大学要“按照章程自主管理”，这明确了大学自治权的行使也必须服从法治原则。特别是学校章程是学校自主管理和自我约束的基本依据，应当是依法接受行政的监督和司法审查的重要依据。它必须不越权，并且符合法律保留原则。二是按照正当程序的要求来审查行使行政管理权的行为。正当程序包含了“最低限度公正”的基本理念，即某些程序的因素在一个法律过程中是基本的、不可缺少和放弃的，否则，人们会因此感到结果也许是不公正的、不可接受的。[62]当前大学行政管理权行使过程中最普遍的问题就是程序上的瑕疵，因而引发了许多的纠纷。田永案和刘燕文案中，法院都曾基于正当程序的要求对高校行使行政管理权的行为进行严格的司法审查，大大推动了其法治化进程。而对行政管理权这一权力的规范，就是间接地对学术自由权这一权利的保障。三是按照大学自治权内在结构的差异性来把握司法审查密度。既然有所谓的司法审查密度，也就意味着并不是所有的大学自治权都应当接收司法审查。事实上，纯粹属于学术自由事项，各法治国家和地区一般都不予以司法审查。[63]所以，当法院对大学自治权内部进行司法审查时，最难把握的问题就是在哪里止步，即如何区分学术自由权（利）和行政管理权（力）。笔者认为，上文所阐释的两者之间的六点差异性或许可以作为进行区分的参考性标准。没有这些标准，很可能司法审查对学术自由的保障功能还未显现，而对学术自由的损害结果已经发生了。
