1、严重影响了司法的独立性。从宪法和法律的角度来讲，我国的宪法和刑事诉讼法和民事诉讼法、以及行政诉讼法，只赋予了司法审判机关和司法审判工作人员的司法审判职责，既司法审判工作人员（院长和审判员）只有司法审判的工作职能，除此之外他们不承担党的政治上和思想上、以及组织上的工作。同时，他们也不直接参与政府的行政管理工作，特别是不直接参与政府依行政职权实施的强制性行政行为。在组织机构和人员管理上，我国的司法审判机关的审判组织和工作人员，与党的组织和政府并没有领导和被领导的关系，司法审判机关的设立和司法审判工作人员的任命，都是由人大和人大常委会设立和任命的。一般来讲，司法审判机关和司法审判工作人员只对人大负责报告工作，并接受人大和人大常委会，以及人大代表的监督，它并不向党和政府报告工作，以及接受党和政府机关的领导。所以，从宪法和法律的角度来看，我国对司法审判机关独立行使司法审判权，在法律上还是规定的比较明确的。但是，在实际的操作过程中，由于我国的司法审判机关和党的组织、以及政府的财政管理在人员上是混合和捆绑在一起的。因此，司法审判机关在很大的程度上实际上是直接处于党的领导和政府领导之下的，司法审判机关独立行使司法审判权在一定的程度上受到了很大的影响和限制。特别是，在审理同级政府部门的案件时，司法审判机关的独立性几乎完全被丧失，根本无法独立的、公正的、公平的进行司法审判工作，“以言代法”、“以权压法”的现象在司法审判工作中时有发生。甚至于，在一些地方司法审判机关有时还成了个别领导人的私有工具，他们可以随心所欲的任意调动司法力量。
2、严重影响了司法的公正性。市场经济按其本性来讲是一种自由竞争经济，它具有其原始的自然“野”性。为了规范市场经济的“野”性，现代社会进行了法治制度的建设，企图用法治来限制市场经济的“野”性，使其更符合人们良好的发展愿望。从“市场”和“法治”的各自本性来看，“市场”是自由和放荡的，而“法治”则是限制和压制。改革开放以前，我国是计划经济体制，在政治体制上也是“一元化”党的领导体制，其经济体制与政治体制应当说是十分配套的，相互之间发生冲突比较少，其相互之间的矛盾也不十分的突出。但是，改革开放后我国实行了市场经济，各种性质的经济实体层出不穷。特别是在国有经济改革后，地方民营经济得到了前所未有的发展，地方党委和政府的工作重心也发生了转变，由过去的公有经济建设转向了民营经济建设，招商引资成了地方党委和政府发展地方经济的重中之重，一时间地方党委和政府也有意和无意的参与到了市场经济的竞争当中去了，成了本地区市场经济实体竞争的保护伞。而作为地方的司法审判机关，由于受地方党委的政治制约和政府经济制约，其独立审判权不能充分和有效的行使，司法审判机关在市场经济的活动中也被迫陷入了地方保护主义和部门保护主义的漩涡。特别是，对改革过程中出现的一些不公正和不公平的现象，不能很好的做出公正、公平的判决，在一定的程度上袒护了一方，损害了另一方，或者有意回避社会矛盾，不能完全的履行好维护社会正义的神圣职责。甚至于，有一些司法审判机关的领导人由于受市场经济追逐经济利润的影响，也积极主动的加入到了市场经济竞争的行列，搞起了司法经济创收运动，一些司法审判工作人员也剩机大肆的公开的进行贪污受贿和枉法裁判活动。
