第一，马伯里是否有权获得委任状？判决书的答案是，马伯里有权获得委任状。其论证的过程是，马伯里已经完成了从总统提名到参议院批准的整个任命程序：“委任状已经由总统签署，说明委任已经作出，国务卿已经在委状上盖上了美国的国玺，说明委任状已经作成。马伯里也就因其委任状已经总统签署，已由国务卿加盖国玺，而得到了正式任命。法律设定了这一官职，给他任期5年的权利，并且独立于行政部门，这一任命因而是不可撤消的。马伯里的任命是受美国法律保护的。最高法院认为，阻碍他的任命的行为是没有法律依据的，而且是侵犯法律权利的行为。”
第二，马伯里在权利受到侵犯时是否有权获得救济？判决书的答案也是肯定的：“公民权利的精髓在于公民受到侵害时，每个公民都有权获得法律保护。政府的第一职责也就在于给予这种保护。人们强调美国政府是法治政府，而不是人治政府。如果法律不对侵犯法定权利的行为给予救济，也就不再享受这一美称了。”因此，“本院认为，马伯里有权利得到委任状；拒发委任状侵犯了他的权利，他的国家的法律为此对他提供救济。”
第三，马伯里是否应该到联邦最高法院寻求救济？判决书的答案是否定的，即美国联邦最高法院对马伯里案没有司法管辖权。第三个问题是本案的核心问题和本质问题。
仔细分析马伯里案判决所涉及的上述三个问题之间的关系，可以发现其中存在非常有趣的因素。根据马歇尔及其他美国联邦最高法院大法官的判断，联邦最高法院在程序上，对马伯里案没有管辖权，那么，判决书只需要直接就案件的管辖权问题作出判决即可，没有必要就马伯里等人是否有权获得委任状及在没有得到委任状时是否有权获得救济问题，作出判断。换言之，联邦最高法院既然在程序上对马伯里案没有管辖权，有何资格对该案件的实体问题进行判断呢？
关于马伯里等人有权获得委任状的判断，既是马歇尔对自己原来担任国务卿时具体实施委任手续行为的肯定，又是对马伯里等人的支持和安慰，更是对民主共和党人的警告。关于马伯里等人在没有得到委任状时是否有权获得法律上的救济的判断，也是对马伯里等人的支持，更形成了对未来其他法院审理这一案件时的约束。
马歇尔之所以能够对上述两个上述“多余”的问题进行判断，与最高法院在美国的地位有着不可分割的关系。如果是联邦下级法院对这两个问题作出判断，当事人不服时，可以向上级法院提出上诉；上级法院如果认为下级法院不应该在法院不具有程序上的管辖权时，对案件所涉及的实体问题作出判断，或者上级法院认为虽然有权作出判断，但判断是错误的，上级法院即可进行重新判断。但是，马歇尔所在的是最高法院，其作出的判断具有终局性；同时，根据英美法系的“先例约束原则”，最高法院的判断对下级法院具有约束力。
联邦最高法院关于本案的这一选择，可以说是一举多得：
第一，肯定了马伯里有权获得委任状。这一结论的意义在于：(1)肯定马伯里有权获得委任状，也就是肯定了马歇尔实际操纵的委任程序不存在任何过错；(2)可以达到安抚马伯里的效果，即麦迪逊不发给你委任状的做法是违法的；(3)可以达到安抚联邦党人的目的，即维护了联邦党人原来在行政部门和国会所进行的法官委任程序的合法性。马伯里是否有权获得委任状，或者说法官的委任程序是否合法，并不是民主共和党人关心的实质问题。换言之，马歇尔的这一判断，并不会得罪民主共和党人，并不会招致民主共和党人的反击。
这一判断，表面上看起来，只具有形式上的意义，不具有实质上的意义，因为它并没有实际涉及司法权与行政权之间的关系，也就不涉及联邦党人与民主共和党人的关系和实际的政治冲突。但是，这一判断除具有上述意义外，具有一种确认性和宣告性意义，对民主共和党人也能够起到警告性作用。
第二，肯定了马伯里在没有得到委任状时有权获得司法救济。这一结论的意义在于：(1)肯定了权利保障的价值；(2)肯定了法治的价值和法律的权威；(3)肯定了司法机关在保障权利方面的作用；(4)在前一个结论的基础上，达到继续安抚马伯里的目的和效果。同时，也是安抚联邦党人的需要。
这一结论是前一个结论的深入探讨，是在前一个结论的基础上的深化。这一结论也不会直接刺激民主共和党人，但这一结论对于最后结论的得出有着一定的关联性的作用。如前所分析的，如果马伯里在权利受到侵犯时，不能寻求司法救济的话，就无须在作进一步的深入探讨。换言之，联邦最高法院只需要直接裁定驳回起诉就可以了。只有肯定在本案中，马伯里在没有得到委任状时，有权获得司法救济的前提下，才需要去探讨是否由联邦最高法院提供司法救济的问题，也才能够得到第三个结论。
第三，马伯里不能向联邦最高法院寻求司法救济。这一结论又是在前一结论的基础上，进一步探讨的问题。这一结论从表面上看起来，似乎作为联邦党人的马伯里的权利没有获得保障。这一结论当然与马伯里的愿望之间存在着一定的差距。根据联邦最高法院的这一结论，马伯里不能直接从联邦最高法院获得司法救济，但是，马伯里不能直接从联邦最高法院获得司法救济的原因，并不是马伯里不应该获得司法救济，而是根据法院管辖权的分工，马伯里不能从联邦最高法院获得司法救济。换言之，马伯里不能获得司法救济的原因是程序性的，而不是实质性的。马伯里不能到联邦最高法院寻求司法救济，他还可以按照法律规定的法院的管辖权的分工，到对本案有管辖权的法院去寻求司法救济。
简而言之，这一结论对马伯里而言，只是告错了法院，到了没有管辖权的法院起诉，他只需要重新向有管辖权的法院起诉就可以了，而并没有剥夺马伯里的实质意义上的诉权。有学者认为，马歇尔的这一判决是以牺牲马伯里的权利，来换得联邦最高法院的司法审查权的。这一判断和观点是值得商榷的。
第四，联邦最高法院无权受理马伯里的起诉，或者说，联邦最高法院无权向行政部门发布强制执行令。这一结论是上述“马伯里不能向联邦最高法院寻求司法救济”的另一种表述，或者说是从另一个角度进行解读而得出的结论。这一结论，就本案所发生的当时的社会背景而论，当然是民主共和党人所非常乐见的。民主共和党人一定会为这一结论而欢欣鼓舞的。因为，这一结论意味着在联邦党人与民主共和党人之间围绕着法官的任命问题所进行的斗争中，以民主共和党人的胜利、联邦党人自己承认失败而告终的。仅仅就本案所涉及的法官任命而言，进而仅仅就当时联邦党人与民主共和党人的这场斗争而言，民主共和党人获得了胜利。
但是，从联邦党人的角度来说，民主共和党人获得的仅仅是一个微小的胜利，或者说，仅仅是一个表面上的胜利，而联邦党人获得的是一个巨大的胜利。联邦党人牺牲的仅仅是联邦最高法院对某类案件的程序上的管辖权，而获得的是对法律的违宪审查权；牺牲的是一个程序性权力，而获得的是一个实质意义上的保障
宪法地位的权力。就当时民主共和党人控制行政权力和立法权权力，联邦党人控制司法权力的局面下，联邦党人以牺牲一个微小的权力，而获得了以
宪法的名义控制行政权和立法权的巨大权力。
