1、行政组织法立法的零散和条文的粗疏。在中央政府组织法立法层面，不但《国务院组织法》只有11条，[11]而且没有对国务院各组成部门、直属机构、办事机构、派出机构、国务院议事协调机构、国务院组成部门管理的国家局、国务院直属的特设机构等进行组织法层面的规定；而在地方政府组织法立法方面，依然将地方各级人民政府组织法同地方各级人民代表大会组织法放在一起规定，并且没有对地方各级人民政府的工作部门的职能配置、机构设置和人员编制等进行组织法层面的规定。更为重要的是，尽管这一时期中央与地方的关系颇为紧张，但是对于中央政府与地方政府之间的公务权限（事权）的合理划分没有取得实质性的进展，制度建设上也乏善可陈。
2、虽然国务院和中央编制委员会确定了政府编制的“三定方案”（ 定机构、定编制、定职能），对于遏制行政机关的无序膨胀起到了很大程度上的作用，但是由于其仅仅是政府内部的规定，法律效力等级不高，而且根据“三定方案”改革的成果并没有予以制度化和法律化，因而政府机构改革出现了“精简—膨胀—再精简—再膨胀”的恶性循环怪圈。[12]
3、已有的行政组织立法既没有对“行政组织法定”原则予以确认，[13]也没有对公民权利保障和救济的条款予以规定，更没有对违反行政组织法的机构和人员进行责任追究的规定，以致行政组织的机构设置和人员编制出现了某种程度上的混乱，甚至一些政府机关的领导人只要批个条子就可以设置一个固定或者临时的政府机构，这使得临时性和协调性机构以及“编外人员”的大量存在，而这些机构又会不断膨胀，最终发展成为拥有稳定行政级别和众多办公人员的政府机构或准政府机构。
4、更为严重的是，即便是已有的法律和法规也并没有得到很好的执行，甚至有时候会遭到公然地违背。比如在2008年轰轰烈烈的“大部制改革”之后，国家发展和改革委员会与人力资源和社会保障部居然同时出现了“一个部长，九个副部长”的“超级部长班”，[14]而按照1982年10月第五届全国人大第五次会议通过的《国务院组织法》第9条的规定：“国务院各部设部长1人，副部长2—4人；各委设主任1人，副主任2—4人。”尽管人们对这一次改革充满期待，希望大部制改革能够按照精减统一效能原则和执行权、决策权和监督权“三权”相互协调且相互制约原则来解决“机构怎么设置更合理，机构之间如何更协调，办事效率如何更高效的问题”，[15]但是改革之后出现的种种乱象，着实让人无法乐观。[16]当然，这更加凸显了加强行政组织法治建设的重要性和急迫性。
在学术研究层面，这一时期中国行政法学界对于行政组织法的研究从最初的热切鼓吹，逐渐变得消沉，甚至有销声匿迹的趋向。在学术著作的出版方面，专门对行政组织法进行研究的著作有28部，其中围绕公务员和人事制度建设进行研究的占15部，研究行政机关机构改革和行政编制的著作则只有7部；学术论文方面，对于行政组织法的研究共计477篇，其中一般理论研究为98篇，关于行政机关机构改革和行政编制的研究为106篇；另外，对于公务员法的研究则达到了213篇。具体说来，这一时期对该问题的研究有以下几个方面值得关注：
1、由于这一时期中国行政法正处于发展时期，中国行政法的学术研究极为热烈，从1978—2004年间，中国大陆行政法学界公开发表的论文总计12536篇，[17]而其中90%的论文是在1990年代以后发表的。对于这一时期发表的行政组织法论文数量，可见对于行政组织法的研究已经不被人们广泛重视；
2、从1992年开始，行政法学界开始着力研究行政主体理论，在1980年代教科书中普遍出现的行政组织法研究在1990年代以后的教科书中逐渐销声匿迹；
3、当然，这并不意味着中国行政法学界中断了对行政组织法的学术研究，实际上依然有学者持之以恒，发出尽管微弱但并非不重要的呼声。以对行政编制法的学术研究为例，从1990-2004，行政法学术界并没有停止对该问题的研究，反而掀起了三个研究的“小高潮”（1990-1993，1998，2002）：
