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（1）纺织品与服装过渡性保障措施
1994年12月，METI为了执行WTO《纺织品协定》第6条以及《多种纤维协定》（Multi-fibre Agreement， MFA）的规定，制订了《关于纺织品进口数量增加时的紧急措施的规程》 及其《适用指南》。在这两个法律文件中规定，METI可以基于两个条件而对来源于某国的纺织品采取保障措施：第一、技术条件，即产品的增加；对同类或直接相竞争的本国产业严重损害或损害威胁的事实；进口和损害之间存在因果关系。第二、政治条件，即政府从政治的角度审视采取保障措施对国民经济是否是有必要的。审视的方法是比较措施带来的好处（如有利于结构调整和改善就业等）与坏处（如采取措施后由于价格的增加而给产品消费者和产品使用者带来的损害等）。国内产业在这一审视过程中被要求清楚而有效地证明其结构调整计划。
与在一般保障措施下保障措施调查由政府有关机构依职权（ex officio）发起有所不同，《适用指南》中规定，纺织品特殊保障措施调查可由METI在国内相关产业的申请下发起。 政府在决定采取保障措施后，并不立即采取措施，而是与产品来源国开始双边谈判，若谈判成功（如双方达成出口限制协议），则保障措施不予执行；而若双边谈判失败，则开始执行保障措施。 保障措施将采取数量限制的形式进行，一般情况下不超过3年。
《关于纺织品进口数量增加时的紧急措施的规程》及其《适用指南》中有关政治条件的规定在实践中饱受诟病。1996年8月在对中国进口纯棉府绸实施保障措施的调查中，有关政治条件的要求被证明阻止了国内产业得到迅速保护的机会，为此，2000年11月，METI对《适用指南》进行了修改，删除了有关政治条件方面的要求，大大便利了日本国内产业迅速发起纺织品保障措施调查。
实践中，日本根据纺织品与服装过渡性保障措施制度提起的调查主要包括：1995年对棉纱、棉布的调查 ；1996年对进口纯棉府绸的调查 ；2001年对从中国进口的毛巾的调查 等。
（2）农产品特别保障措施
国际农产品贸易长期游离于多边贸易体制之外，在乌拉圭回合结束时，各成员达成了《农业协定》，对部分农产品 的贸易作了特别规定。其中，第5条规定了农产品的特殊保障条款（Special Safeguard Provisions）。该条仅针对已经将非关税措施关税化，而且该成员减让表中明确表明可以采取特殊保障措施的农产品。《农业协定》规定农产品特殊保障措施只能采取加征关税一种形式，且只能由进口方采取。
日本关于农产品的特别保障措施是规定在《关税暂定措施法》中的，分为两种：第一、“与触发水平有关的保障措施”（Trigger-level Related Safeguard Measures）；第二、“与肉类有关的紧急关税”（Meat-Related Emergency Duties）。
“与触发水平有关的保障措施”规定在《关税暂定措施法》第6.3条当中，分为两种，即数量触发的关税和价格触发的关税。 这与WTO《农业协定》中的有关规定是一致的。“与肉类有关的紧急关税”则是日本为了执行其在乌拉圭回合谈判中与有关国家达成的谅解而产生的，即若日本从国外进口的牛肉数量在某个季度超过上年度同期的17%，日本牛肉进口关税将从现行的38.5%恢复至50%，主要规定在《关税暂定措施法》第6.5条、6.6条当中。也分为两种类型，其中，第6.5条规定的是与牛肉有关的（beef-related）紧急关税；第6.6条规定的是与猪肉有关的（pork-related）紧急关税。
需要指出的是，以上两种特殊保障措施制度仅在1995年至2000年的期间内临时适用，之后日本采用了产品来源的例外——特定产品过渡性保障机制。即针对特定国家的产品制订了具有更强歧视性的特殊保障制度。
6、对华特别保障措施
2001年12月11日，中国成为WTO第143个成员方。《中国加入议定书》 第16条和《中国加入工作组报告书》 第241-242节以及245-250节中包含了适用于中国和其它WTO成员方之间的保障措施例外条款，分别为“纺织品过渡性保障条款” 和“特定产品过渡性保障条款” 。根据这两个文件中的规定，多边贸易体制内针对中国的特别保障措施分为两种类型：针对一般产品的特别保障措施和针对纺织品服装产品的特别保障措施。
以上两个法律文件中的有关内容成为各国制订针对中国产品的特殊保障措施制度的法律渊源和主要依据。截止到2007年3月底，已经有包括日本、美国、欧盟、韩国、加拿大、印度、土耳其、波兰、澳大利亚、新西兰、哥伦比亚、巴西、墨西哥在内的13个国家根据上述两个法律文件颁布或修改了针对中国产品的特别保障措施国内立法。
日本是较早制定针对中国特殊保障措施法令的国家，2002年2月8日，日本国会修订通过了《关税暂定措施法》，其中第7.7条援引《中国加入议定书》第16条的内容，建立了“针对中华人民共和国特定产品的紧急关税”制度。随后，内阁制定了第7.7的具体操作法令—《关于对中华人民共和国特定货物征收紧急关税的令》。2002年4月5日，METI又出台了《关于对中国过渡性保障措施的运用指针》，规定了对中国的过渡性保障措施。2004年METI制定《应对中国纺织品特别措施》规定，以最近1年中国对日出口纺织品的数量为基数，其增长幅度不能超过7.5%，毛制品不能超过6%，一旦中国产纤维纺织品对日出口剧增，超过此幅度，就可能扰乱日本纺织品市场，日方将对中国纺织品实施进口数量限制。
至此，以《中国加入议定书》和《中国加入工作组报告书》相关条款为基础，日本建立起并不断完善其对华“特保制度”。日本对华特保制度在有关概念、相关条件和基本程序上大致上与两文件的内容相同，但是在一些重要问题上存在很大区别，主要包括下面几个方面：
第一、对“市场扰乱”的定义不准确，仅规定若与日本企业生产的产品直接竞争的中国的绝对或相对量骤增，对日本相关产业构成实质性损害或损害威胁时，就表明扰乱市场的现象存在。另外，日本特保立法中没有对进口数量增加和市场扰乱的因果关系确定的标准。第二、对何为“贸易转移”没有界定，且对于贸易转移的判断标准规定的过于笼统、粗略，另外，日本特保立法将中国入世文件中规定的“重大贸易转移”中的“重大”一词删除，这给调查机构的自由裁量提供了便利。第三、对“关于国内产业”的定义违反了《保障措施协议》的规定，《保障措施协议》规定的国内产业是“一成员领土内进行经营的同类产品或直接竞争产品的生产者全体或指同类产品或直接竞争产品总产量占这些产品全部国内产量主要部分的生产者” ，而日本特保立法仅要求国内产业为“占国内生产总量的相当比例”即可。第四、对中国的出口自限权利及报复权利不予规定，在中国入世法律文件中，规定了中国可以采取行动以防止或补救市场扰乱行为，也规定在绝对增长或相对增长的情形下，一成员方实施保障措施后一定时间内，中国有相应的报复权， 而日本特保立法中却无此规定。第五、对相关磋商及通知方面没有予以规定。这表现在不仅调查发动前、措施实施前没有与中国进行磋商的规定，甚至连向WTO保障措施委员会进行通报的义务在日本特保立法中也被免除。
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