公诉工作中产生上述问题的原因很多，但归纳起来，不外乎两个方面的原因：一是制度层面方面的原因，二是公诉人自身方面的原因。
（一）制度层面的体制制约
从我国司法体制改革的角度入手分析，我们发现检察机关的权限一直处于不断缩小的状态。从公权力角度看，我国的司法权由公检法三家分享，其中法院享有的审判权处于终端，具有天然的正当性，一直处于不断扩张的状态；公安机关对刑事案件享有侦查权，基于当前我国的政治体制，公安机关处于强势的政治地位，在一定程度上也扩张了司法权力。检察机关处于公、法两家的中间，享有的司法权力不断被侵食。从私权利看，律师的权利在不断扩大，很大程度上也是检察机关让与的，如阅卷权、会见权、证据开示制度等等，律师依法掌握了公诉部门持有的证据，但在庭审前并不向公诉部门展示自己掌握的证据，致使公诉工作在庭审过程中处于不利地位。
对于检察机关
宪法明确定位的法律监督权，学者们一直试图予以否定，他们从西方国家“三权分立”的角度出发，盲目照搬西方国家的诉讼理论，妄图否定检察机关存在的正当性，这也使得检察机关在当前的体制中地位不断下降，使用权力时畏首畏尾。如检察机关当年享有的免于起诉权，本来是一项很好的权力，在司法实践运行中也完全符合法治需要，但是由于学者们的抵制，使得检察机关不敢轻易使用免于起诉权，以致在97刑诉法修改时中立法机关将这项权力剥夺。
（二）公诉人自身的素质缺陷
1、缺乏政治理论学习。公诉部门是检察机关最主要的业务科室之一，常年要处理大量的刑事案件工作，以致少数公诉人疏于政治理论学习，有人甚至认为只要业务搞好就行，学习政治理论是耽误时间。其实这种想法是错误的，从事检察工作，最重要的是坚持正确的政治方向，只有这样才能实现“立检为公、执法为民”的目标，才能真正树立关注民生、服务大局的意识，为经济社会的科学发展、和谐发展提供坚强有力的司法保障。
2、疏于法律理论的学习，执法理念陈旧。对于当前部分办案人员中存在的“重打击犯罪，轻人权保障；重实体处理，轻程序正义；重有罪推定，轻疑罪从无”的执法理念，已经不符合当前形势下保障人权的需要，并多为学者们所诟病。因此，公诉人应当加强法学理论的学习，尽快提升业务素质，真正树立人权保障理念，强调对当事人和公民的人权保护，对非法证据坚决予以排除，从而提高执法的正当性和信任度。
3、没能树立公诉高效的工作意识
