地方保护主义、部门保护主义对司法上的平等性、公正性、统一性形成了严重的威胁。自上个世纪八十年代以来，我国实行“分灶吃饭”的财政体制，各级法院的经费必须由同级政府确定，法院的财政与地方财政融为一体。因此，地方法院更多地倾向于从发展地方经济的角度去执行法律和行使司法权，而不着眼于国家法制的统一性和严肃性。除此以外，在人事制度等方面，法院的司法行政职务和人员均由地方各级权利机关选举、委任、罢免或任免。在实践中，地方党委、政府的组织人事部门“实际享有”对相应各级法院主要领导干部的推荐权和指派权，正是这种权力机构上的隶属和依附关系，使得地方法院无力抗衡地方行政的干预。
（二）行政兼理司法的体制
秦汉地方郡县的司法审判由郡守、县令兼理。三国两晋南北朝，司法基本沿用汉制，地方司法机构仍与行政合一，县郡州三级司法权属各级行政官吏。隋唐五代地方司法仍由州（郡）、县兼理，但属吏较前增多。州设法曹参军和司户参军各受理刑、民案件。县设司法佐、史等协助县令处理案件。两宋虽路设“提点刑狱司”，然州、县司法机关和州、县行政机构合一。知州和县令则是州、县的主审官，通判、县丞为辅。元地方司法机关就是地方行政机关，地方行政机关就是地方司法机关。明省提刑按察使司可算是专职的司法机构，但省承宣布政使司也设理问所审判民事案件。府、县由知府、知县统揽行政、司法权力。仅府有推官一员帮助知府处理审判事务，县则完全由知县独掌审讯、判决事务，其属官县丞、主簿、典史只能分掌治安、巡捕之事，不得进行审判。清初司法机构维持明制。 “预备立宪”后，对司法机构调整，但司法隶属于行政的格局仍未改变。
我国司法历史由于对权力和行政的依赖，司法制度一直是司法与行政合一，行政官吏兼理司法，没有独立的司法机构和人员，在体制上也从来没有获得过独立的地位。长期的行政兼理司法体制，导致现行的行政权力过于庞大，司法权根本无法与行政权抗衡，立法权也是如此。时至今日，行政兼理司法变成了事实上的行政“领导”司法。在现行司法体制下，各级地方司法机关均按行政区划设置，司法机关的人事权归口于政府机构下属的人事部门，经费开支权归口于政府机构下属的财政部门。人、财、物均由政府机关管理，造成司法机关变成了事实上的政府（行政）机关的下属机构，
宪法规定的“一府二院”体系下的国家分权（分工）只能停留在法律条文上，致我国的审判独立在现实中不可能实现，司法独立不为国际社会所认可。行政官员大多系各级党委的副书记及党委常委，在党的领导机构中，对各级司法机关的领导掌握着生杀予夺的大权，司法机关的领导难免不为首是瞻。当行政官员认为需要时，则可以党委领导的身份为由冠冕堂皇的顾问司法，干涉司法；而无需顾问时，则又可以尊重司法独立，政府部门不宜干涉为由箴口不言，进退自如。是行政权大于司法权，还是司法权大于行政权，已经了然。邓小平同志指出：“旧中国留给我们的，封建专制传统比较多，民主法制传统很少，解放以后，我们也没有自觉地、系统地建立保障人民民主权利的各项制度，法制很不完备，也很不受重视，特权现象有时受到限制、批评和打击，有时又重新滋长。”
（三）司法行政化的体系
封建史历秦、汉、三国、两晋、隋、唐、两宋、元、明、清，行政权力过于庞大，行政机构日渐庞杂，形成了尾大不掉的毛病。而封建的司法制度一直是司法与行政合一，行政官吏兼理司法，没有独立的司法机构和司法人员，司法机构从属于行政机关，司法人员自然为行政官吏的属吏。且行政官吏就是司法官吏。司法事务是行政官吏的兼职。行政对立法和司法起着统帅作用，司法在运行中过分依赖于行政而存在，使得在处理司法事务时，行政官吏自然将行政的思维、习惯、方法和手段操纵司法。这些都对现代司法起着潜移默化的作用，致我国现代司法在体制上不可避免的日趋行政化。
