2、控辩双方权利配置失衡
被追诉人及其辩护律师的诉讼地位边缘化直接导致了控辩双方权利配置的失衡。检察机关拥有批捕权、指导公安侦查权、自行侦查权、公诉权等等权力之外，同时还拥有法律监督权，检察机关不仅仅是一个控诉者，而且是一个法律监督者，居中审判的法官在此“监督”出现重心偏移。此外，我国现行的
刑事诉讼法没有确立禁止双重危险原则，检察机关可以就已生效的裁判在没有时间和次数限制的情况下提起不利于被告人的抗诉。
而犯罪嫌疑人、被告人没有沉默权，却有如实回答的义务，如实回答其实质就是自证其罪。
辩护律师虽有调查取证权，却同时又有诸多不当限制。如须征得被调查人同意，对被害人或者其近亲属、被害人提供的证人取证，不仅要征得被害人或者其近亲属、被害人提供的证人的同意，还要征得法院和检察院的同意，并且还有《
刑法》306条所谓“律师伪证罪”作为律师调查取证权的紧箍咒。
辩护律师虽有会见权却得不到保障，因为侦查机关有批准权、安排权及在场权，并且这些权力在实践中经常被滥用，成为阻碍律师会见的手段。再如律师会见时的“隔离网”和电话装置，是公、检、法所无的特殊“待遇”。
律师的阅卷权和知情权也受到限制，未确立证据开示制度等。
除了辩护律师权利受不当限制外，还缺失律师在场权、律师解答权、律师作证特免权（也称拒证特权）等等。
我们知道控辩双方诉讼地位平等、权利对等是刑事诉讼制约结构的法理基础，是实现程序正义的保障。没有平等，何来对抗，控辩双方权利配置的失衡，必然导致现行所谓“控辩式庭审方式”名不符实。
3、法官在刑事诉讼中的地位尴尬
法官的居中和独立是公正裁判的必要前提，意味着司法机关应该不偏不倚，独立行使审判权，只对法律负责，不受任何单位和个人的干涉。然而在现行诉讼结构中，法官的居中和独立审判却而面临尴尬。一方面，法律要求法官应当在庭审中，通过控辩双方的举证、质证等庭审活动，来接触和认定案件事实，并独立裁判。另一方面，因为“公检法是一家”，法院还负有弥补公安、检察错误的责任，法院可以主动查明案情、调查取证，代行侦查权，不可以变更罪名，代行检察权。因此，法官不得是审判者，在一定程度上还是侦查者和公诉人。更不用说，一些程序外的人为因素对法官居中和独立审判的干扰，比如地方党政领导的干预、政法委的“垂帘听政“等等。记得我国54
宪法（我国第一部
宪法）曾规定：“人民法院独立进行审判，只服从法律。”马克思也说：“法官除了法律就没有别的上司。”然而，现实告诉我们，远没有这么简单，法治的路还很长。
