一是，关于登记的性质。由民法学者主导的不动产物权登记制度，在赋予登记行为物权公示效果的同时，并未明确这种行为在行政法上的性质，这就极有可能导致从以往行政法学者注重登记行为的行政行为性质而忽视物权公示效果的一个极端，走向民法学者强调登记行为的物权公示效果而否认行政行为性质的另一个极端。在
物权法确立行政机构登记模式的情况下，如果否认了登记行为的行政行为性质，对行政法的行政行为理论会带来什么样的冲击，恐怕是难以预料的。
二是，关于登记的要求。
物权法没有明确登记程序，但是根据该法第
十二条的规定，登记机构除了书面审查和询问当事人外，“必要时可以实地查看”，这意味着登记机构的职责不限于形式审查，而在很大程度上带有实质审查的色彩。这不免使人产生两点疑问：其一，虽然目前不动产登记实务中主要采取形式审查的原则，但是仍然存在登记效率极低的问题，如果再实行实质审查原则，是否会进一步降低登记效率，从而减弱登记制度在物权设立方面的预期效果，这着实使人感到难以预料。其二，基于物权登记行为与物权行为本身的区别，不动产登记机构能否承担起实质审查的职责，以及在多大程度上承担起实质审查的职责，这些涉及行政能力的问题是不是因为
物权法的一纸规定就可以解决？
三是，关于登记的效力。如果不动产登记行为是行政行为，那么行政行为的法律效力是根据行政法原理支配下的行政法律规范所设定的，在登记行为未依行政法律救济程序改变以前，一般认为该行为具有公定力、确定力、拘束力和执行力，相对人不能以自己的行为而直接否定登记行为的效力。登记文书之间不一致的，依照行政法规范应当通过登记机构确认或者行政复议、行政诉讼的程序解决。但是，依照
物权法第
十七条中的规定，则不排除法院在民事案件审理中直接进行判断和裁量的可能 5。
四是，关于登记的责任。
物权法第
二十一条规定：“因登记错误，给他人造成损害的，登记机构应当承担赔偿责任。登记机构赔偿后，可以向造成登记错误的人追偿。”这条规定的登记机构的责任，显然是建立在实质审查基础上的民事责任（如果是形式审查，则因相对人出具错误材料而导致的登记错误，应当排除出登记机构的责任范围；如果是行政责任，则不存在向相对人追偿的问题）。将登记责任界定为民事责任，而在登记收费按照形式审查的收费原则按件计收的情况下，登记机构的权力与责任设置显然存在严重不相适应的问题。
