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（2）董事会成员的构成中内部董事的比例过大
据抽样调查统计，我国上市公司董事会中内部董事尽管近些年来逐步递减，但目前仍然高达57.4%。在这样一个主要由内部执行董事组成的董事会中，期待由下一级执行董事来监督和约束自己的上司—董事长和总经理，显然是不现实的。近年来我国上市公司频繁的违规行为也反映出了公司监事会地位的不独立和缺乏实质性的监督权。
2、独立董事独立性不够
为解决董事会的独立性问题，我国从2001年开始引入了独立董事制度。众所周知，独立董事以其“独立性”为存在价值，独立董事制度有效运行的前提条件就是独立董事的独立性，即独立董事应是独立于公司及其利益相关者，与公司及其利益相关者，特别是与公司控股股东和公司高管人员，不存在重大利益关系。只有这样，独立董事才有可能站在公正、客观的立场上，及时制止、纠正公司控股股东或公司高管人员损害公司及中小股东利益的行为。否则，独立董事就有可能受到自利动机的驱使，以独立人格和中小股东的损失换取个人经济报酬最大化。[11]
目前，我国上市公司独立董事在独立性上主要存在以下几方面的问题。
（1）提名和任免方面
《指导意见》规定，“上市公司董事会、监事会、单独或者合并持有上市公司已发行股份1%以上的股东可以提出独立董事候选人，并经股东大会选举决定” 。但在我国上市公司中， “一股独大”现象非常普遍，董事会和股东大会基本被控股股东控制，这些控股股东肯定要找自己比较熟悉，比较了解，也是相对比较“听话”的人来担任独立董事，而真正“独立”的人是难以当上独立董事的。由于“一股独大”的客观存在，绝大部分公司的独立董事实际上是由控股股东或控股股东控制的董事会、监事会提名产生的。在这种条件下出任独立董事的人士，往往不是与控股股东有着不为人知的关联关系，就是与掌控上市公司的实权人物有很深的私交。上市公司请他们出任独立董事，一方面是出于“肥水不流外人田”的考虑，更多的则是因为自己人“听招呼”、“便于管理”。在这种情况下，独立董事由控股股东“聘用”，而要向中小投资者服务从而监督公司控股股东、经理层，出现了独立董事的角色冲突，使得独立董事在行使其权利时难以保障相对于控股股东和管理层的独立性。
此外，在独立董事的罢免问题上，相当一部分上市公司的控股股东信奉任人唯亲、顺我者昌，逆我者亡的原则，致使独立董事的独立性荡然无存。
例如，2004年6月15日，伊利股份的3名独立董事俞伯伟、郭晓川和王斌向公司董事会递交了一份独立董事声明，由于公司对国债买卖及股东情况的质询未果，拟聘请独立的审计机构进驻进行专题审计。2004年6月16日，伊利股份董事会决定，将监事会提出的“免去俞伯伟独立董事议案”提交2003年度股东大会审议。该议案旋即被认为“程序不合法”，因为这次董事会会议的召集，没有按照监管部门所要求的那样提前10天通知所有董事，包括独立董事。6月29日，监事会决定将上述议案改由2004年第一次临时股东大会审议，以使审议变得规范。8月3日，临时股东大会召开，俞伯伟独立董事职务被免。[12]俞伯伟不是第一个公开和上市公司董事会和控股股东叫板的独立董事，但他是因为维护独立董事“独立性”而被上市公司罢免的独立董事第一人。
（2）任期方面
独立董事的任期不能短于执行董事，否则就起不到制衡作用；也不能过长，否则，其独立性将会减损。通过一段时间的共事，同化是一种普遍现象。独立董事因与内部董事及经营管理层长期共事所建立的友谊会使他们不再独立或不那么独立，因此对独立董事的任期进行限制是必要的。《指导意见》规定“独立董事每届任期与该上市公司其他董事任期相同，任期届满，连选可以连任，但是连任时间不得超过六年”。笔者认为这一规定会使独立董事因任职期限过长，而使其逐渐失去独立性。
（3）与上市公司或其控股股东的关联性方面
在日常监管中发现，个别上市公司的独立董事本身就与上市公司或其控股股东存在直接或间接的利益关系。例如，三九生化控股股东提名王玉才担任公司独立董事，在备案审核过程中深交所关注到，在同次董事会还审议了解聘上海立信长江会计师事务所、改聘中和正信会计师事务所有限公司为财务审计机构。根据独董履历表中的信息，该候选人是中和正信会计师事务所山西分所高级管理人员。
此外，有的独立董事更是与上市公司发生巨额的关联交易。例如，西北化工独立董事吴昌侠是德昌投资等公司的法定代表人和实际控制人，而西北化工为德昌投资等公司提供了9000万元贷款担保、1000万元委托贷款、2200万元委托理财等事项。上市公司和独立董事从未作出说明和声明。
（三）监事会监督机能缺位问题
在我国上市公司的运作中，监事会并没有起到应有的监督作用，与立法设计所期望的作用相去甚远。这突出地表现在以下几个方面。
1、监事会和监事缺乏必要的独立性
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