1、价值目标的局限
《环境保护法》的制定于1983年开始，该法在第
4条规定：“国家制定的环境保护规划必须纳入国民经济和社会发展计划，国家采取有利于环境保护的经济、技术政策和措施，使环境保护工作同经济建设和社会发展相协调。”这一规定虽然体现了当时已经十分先进的“协调发展”观，但对于可持续发展的认识尚未达到相当高度。“协调发展”与“可持续发展”的差异不仅仅是文字表达上的，实质是不同发展观的体现。1992年联合国环境与发展大会达成可持续发展共识时，
《环境保护法》已经颁行近3年。因此，这部法律没有也不可能彻底贯彻“可持续发展”观念，在立法宗旨、原则设定、制度安排方面均未全面体现可持续发展观。
2、立法理念的偏差
由于环境资源的公共产品属性，政府的介入与管理不可避免，
《环境保护法》也主要是关于国家环境管理方面的规定，有相当多的规范涉及到对政府行政行为的授权。但是，在没有法治政府的理念的情况下，
《环境保护法》注重了环境管理权力的直接赋予，但无论是环境管理体制的设计、还是具体管理权限的划定都十分模糊。该法第7条规定：“国务院环境保护行政主管部门，对全国环境保护工作实施统一监督管理。”“县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门，对本辖区的环境保护工作实施统一监督管理。”“国家海洋行政主管部门、港务监督、渔政渔港监督、军队环境保护部门和各级公安、交通、铁道、民航管理部门，依照有关法律的规定对环境污染防治实施监督管理。”“县级以上人民政府的土地、矿产、林业、农业、水利行政主管部门，依照有关法律的规定对资源的保护实施监督管理。”这一规定看似对中国环境管理体制的明确，但在整部法律中，既找不到权力的界限、也找不到权力行使的程序、更找不到权力冲突的协调原则，没有树立法治政府的理念，体现法治政府有权必有责、用权受监督、侵权要赔偿的法治原则。这种对于行政机关的赋权缺乏法治理念的结果是权力冲突的加剧，必然导致各种管理制度落空甚至可能因为公共权力的恶性竞争导致“公众悲剧”。中国近十五年来，一方面是环境保护立法的空前繁荣，另一方面确是环境污染与破坏的日益严重，法律的规范功能与作用发挥不足，与缺乏法治理念是有直接关系的。
3、制度体系的失衡
《环境保护法》的立法重点在于设置国家管理制度，具有强烈的政府干预色彩。该法除了第6条：“一切单位和个人都有保护环境的义务，并有权对污染和破坏环境的单位和个人进行检举和控告。”直接涉及到市场主体的权利[12]；以及从第40条[13]和第41条[14]的规定中可以推定市场主体的权利外，其它制度都是对环境行政机关管理权力的设定，甚至连市场主体的程序性权利也几乎没有。这种制度设计方式显然不可能重视市场对环境资源的基础性配置作用，也不可能关注“权力——权利”的平衡，注重社会公共利益与个人利益的平衡。市场主体对于环境资源的不同利益需求及自主选择、自主决定权没有得到应有的尊重，市场主体环境保护积极性与主动性得不到引导与发挥。“权力——权利”的配置不当不仅导致制度体系的严重失衡，而且制度运行的高成本与低效率在所难免。
