在自然法与实在法的关系上，斯多葛学派认为对每个人都有两个法律：他自己城邦的法律和世界的法律；习惯的法律和理性的法律。在这两种法律中，第二种必然具有更大的权威。西塞罗则强调宇宙中只有一位全能的上帝，一种理性的法，一个巨大的共同体。在阿奎那神学主义法理学中，自然法被放大为永恒法、神法、自然法的三位一体。永恒法是最高主宰，这三种法又统摄着世俗法。可见，在法哲学发展史中，人们在本体思维方式支配下，对自然法与实在法关系的认识必然内在地包含着对超验事务的膜拜。
　　3、新自然法的方法
　　（1）现代自然法哲学有两种倾向：以富勒为代表的世俗自然法和以马里旦为代表的神学自然法。自然法与实在法的二元结构并没有消解。富勒把自然法分为实体自然法与程序自然法。实体自然法事关法律的实体目标，即公平、正义等终极存在。程序自然法包含有一系列标准，如法律的公开性、普遍性、明确性、一致性、可行性、稳定性、法律的非朔及力以及官方行为与已颁行的法律之间的一致性。这几项标准被称为法律的合法性原则。富勒认为，传统自然法学说关注实体自然法，而他关注的是程序自然法。
　　（2）马里旦在论述其自然法思想时强调，真正的自然法并不来自17和18世纪的理性主义自然法学说，因为后者实际上是用人类意志代替上帝成为自然法的最高来源和起因。马里旦认为自然法包含两种要素：本体论要素和认识论要素。他同时指出，“提高人的理性能发现自然法，但这并不意味着像发现几何定理那样，可通过抽象的理论方式，通过概念上运用理智或理性知识去加以发现，这只是指通过人类本性倾向这种方式去发现。”
　　（三）形而上学的方法
　　形而上学认为，人的认识决不满足于可感知的事物，其最高的追求应是探寻可感知事物的背后的边缘、本质和本体。本体论就是要从某种超对象的绝对实在中去理解对象的本性和规定，它的宗旨就是要找出这个把握对象具有决定意义的“本体”。笛卡尔就认为，人对于可感知事物要报以怀疑的态度，而怀疑本身就说明人自身的不完满。但是，在人的思想中又会存在一个关于“完满性”的观念。由此可知，这个观念不可能由人本身所产生，因为不完满的物体是不可能成为完满性物体的原因的，所以，完满性观念必然是从一种事实上更完满的本性中俄来。形而上学就在于探求这种完满的本性。
　　在认识论中，本体论思维表现为追求知识最高统一性的终极解释。具体到法理学中，本体论的思维表现为追求实在法背后的终极存在。如果有几个本体如神法、永恒法、自然法、道、礼则要求确定一个终极本体作为最高权威。一切实在法都可以从其中推导出来。
　　（四）自然法学方法论

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