当然，制度法理学的分析方法与分析法学的传统分析方法有所不同。第一，它的分析对象和范围扩大了。传统分析方法仅限于那些按照
宪法或基本规范规定的方式创立的规范或规则体系，而制度法理学则认为构成法律秩序的不仅仅是公开制定的行为规范和权限规范。法律秩序的目的论的背景一起作用，就像法律规则的一般政策起作用、或制度化了的正义要求和法学家们的理论著作起作用一样。法学家应对这些互不相同的规范性因素作出分析，这样一种分析必须充分尊重这些因素在法律活动中所起的作用，尤其是法律辩论中所起的作用。魏因伯格明确地指出，把被认为是有效的实体法的东西限定于那些在正式的法律渊源中明确建立的规定，这对法律的分析方法是很有价值的，因为它勾画出一条相对直接的、按照逻辑上理想化的形式重构法律体系的途径。然而，法律体系的开放结构和尽可能多地包容实质问题的实际必要性，都倾向于把那些可以被说成是从该体系中产生的或者是它的制度性前提的实际有效的因素（例如法律原则、法律的目的论背景等等）看成是那个法律体系的实在的组成部分。这对分析法学理论有如下的意义：对法律体系的合理的重构是分析法学的目标，这种重构的展开必须也能反映出为理解实在法律原则的存在和法律体系的目的论基础所必须的复杂的结构。在这种方式上，分析法理论也变得在方法论上更加丰富了。第二，对分析方法的评价限定了。他们并不认为分析方法是惟一绝对有效的方法。正如麦考密克所言，承认分析哲学的方法适用于法律研究时的价值，并不等于承认这是哲学对法律问题的惟一适当的或重要的影响，其他的哲学方法，例如规范的、批判的方法，也是富有意义的，不过其他的方法须以分析的方法为基础。第三，认识到传统分析方法的局限，特别是有可能对恶法持超然的或容忍的态度的危险-由于法律秩序体现意识形态，研究法学理论的纯分析的方法可能把法学家卷入使现存的法律制度有效地合法化的工作。麦考密克指出，任何人都不应否认这样的危险：分析法学可能沦为仅仅是使现存的国家权力合法化的工具。我所否认的只是关于这种危险是从事这种研究的必然特点的说法。分析方法并不必然代表它们所分析的制度所涉及的意识形态或政治，而且力戒陷入这种活动。
正是由于上述不同，制度法理学的以批判的认识论为基础的分析方法在解决法律实证主义者和自然法论者之间的争论中以及在促进两种法律实证主义的结合方面起着特殊的作用。首先，它提出了一个不依赖任何形而上学的预想而对实质性争论问题进行推理的理论，从而一方面表明对正义的实质性法律证明和分析也可以建立在法律实证主义概念的基础上，使人们避免了存在绝对的或客观的价值或法律原则这种毫无根据的命题，避免了经常出现在自然法理论中的似是而非的论证；另一方面又否定了纯粹法学式的实证主义对法律价值因素的排除。其次，促使法学家们注意到法律的完整结构-实证法是作为制度存在的法律现实的整体。这个概念导致分析的法律实证主义与现实主义的、社会学的法律实证主义的某种结合。
