地方保护主义对司法的影响主要发生在地市和基层两级法院，有必要改革地市和基层两级司法机关人事管理体制，取消行政机关对司法官员的人事管理调配权，而将司法官员的推荐、调配权交还司法机关，任命权提高到省级以上人大及其常委会。具体言之，就是由上一级（司法区或现行的地市级）司法机关考察后，提请省级司法机关向省级人大及其常委会推荐基层院法官、检察官人选，由省级人大及其常委会予以选举或者任命；司法区或现行的地市级法院和检察院的司法官员，由省级司法机关考察后向省级人大及其常委会推荐选举或任命。即便在当前一时不可能改变司法机关地区设置的情况下，也应将司法机关人事管理权限交给上级司法机关，即由上级司法机关为主进行考察、推荐，按照法定程序选举、任命。为体现党管干部的原则，一方面，司法机关的党组织要加强对人事工作的管理；另一方面，地方党委也可以向上级司法机关推荐人选，或者协助上级司法机关进行考察，但是最终确定人选的权力掌握在上级司法机关党委或者党组的手中。至于行政机关，则无权过问司法机关人事安排。这样，才可以保证司法人员素质，解除其依法独立办案的后顾之忧，并且不使国家统一设置在地方的司法机关变成受地方保护主义左右的“地方化”的司法机关。
　　3.改革司法财政管理体制　　
　　联合国大会《关于司法机关独立的基本原则》第7条规定：“向司法机关提供充足的资源，以使之得以适当地履行其职责，是每一会员国的义务。”这表明，保证司法机关足够的经费和物质条件，是司法独立原则的重要内容。目前我国实行的是中央财政与地方财政分灶吃饭的财政体制，中央司法机关和地方各级司法机关的经费，分别列支于与其级别相应的中央或地方政府的财政。这种财政体制必然使得地方各级司法机关的经济利益与所在地方的经济利益挂钩，地方经济状况较好的，该地司法机关业务经费就足，司法干部工资福利待遇就好，反之亦然。这势必使得一些司法机关在办理涉及经济利益尤其是本地与外地经济纠纷的案件时，受利益驱动，而偏袒本地一方，或者以罚代刑，导致司法不公。另外，由于司法机关的经济命脉掌握在当地政府财政部门手中，办案如果受到行政部门干预，很难挺起腰杆进行有效抵制，而影响司法独立。应当认识到，司法机关“司”的是国家的法，无论其等级高低，都是国家的而非地方的司法机关。所以，要改革司法机关经费管理体制。可以参照国外比较普遍的做法，由中央财政统一列支司法经费，即可由最高法院和最高检察院每年分别作出全国法院、检察院下一年度的财政预算，提交全国人大审议通过后，由中央财政拨付“两高”，用于全国法院、检察院的业务和工资福利等开支。这样，就使司法机关摆脱地方利益和行政机关的影响，得以依法独立行使职权。[7]

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