应当明确的是,适用上述民事与刑事责任制度保护投资人利益的执法主体并不是工商等行政部门，而应当是以审判权为核心的司法部门的权力。因为诸如返还财产、赔偿损失、没收非法所得等均属于应由司法裁判权或司法民事制裁权主管的范畴,普通的行政执法主体无权适用上述责任机制。此外，当投资人以自诉方式追究管理人的刑事责任时其主管部门亦应是人民法院,只有少数涉及公诉程序的案件才可能产生公检法等机关的分工管辖问题。
三、个人独资企业的转让与清算原则
个人独资企业法对企业的解散和清算问题用专章作了较为详细的规定，但对独资企业的转让制度的设置则相当简略,只在该法第
十七条中规定：“个人独资企业投资人对本企业的财产依法享有所有权,其有关权利可以依法进行转让或继承”。这就表明，对个人独资企业的转让规范应当寻求其他法律制度的支持。
首先，个人独资企业投资经营权的转让应当遵循整体处分的原则。由于个人独资企业只有一个法定的投资人而没有投资份额之分,故形不成股权机制。其与合伙企业、有限责任公司及股份有限公司的投资机制完全不同。因此,对个人独资企业投资经营权的转让只能整体处分而不能部分转让，以保证不因转让行为而有损其投资主体单一性的机制。否则，必将会在该企业中形成两个或两个以上的投资人，使得其在无限责任的情形下将实质性地变更为合伙企业而不再是个人独资企业了。鉴此,个人独资企业要么遵循整体转让的原则从而保持其独资的法律性质,要么在部分转让时只能将企业性质改制为合伙企业,从而消灭原个人独资的法律特征。
其次，个人独资企业投资经营权的转让应当受到
合同法债的保全制度的制约。在独资企业及其投资人本身不负有对外债务的情形下,投资人对独资企业的整体投资经营权的转让在法律上并不会受到限制。但是,当存在债权人情形下的转让,则要受到
合同法有关债的保全制度的制约。因为如果投资人出于逃避债务清偿目的而以明显不合理的低价转让或无偿处分独资企业致使其债务清偿能力被削弱的,则无疑损害了债权人的利益。此时，债权人可以行使对独资企业转让的撤销权。
