20世纪90年代以后，针对农民收入增收困难、农民收入增幅下降，城乡居民收入差距进一步扩大，农民负担重的问题日益显现，部分地区还愈演愈烈，成为久治不愈的顽症。2000年3月2日，中共中央
国务院发出《关于进行农村税费改革试点工作的通知》，决定在安徽进行农村税费改革试点。2002年国务院确定包括湖北在内的16个省自治区、直辖市为2002年扩大农村税费改革的试点省。2003年5月18日，《
国务院关于全面推进农村税费改革试点工作的意见》提出：对部分农业特产品（除烟叶外）不再单独征收农业特产税，改为征收农业税， 2004年首次明确提出在全国范围五年内取消农业税。中央确定在黑龙江、吉林两省开展全部免征农业税的试点，包括湖北省在内的11个粮食主产省区降低农业税率3个百分点，其他省区降低1个百分点，同时还取消了烟叶以外的农业特产税，还有一些省区自主进行了免征农业税试点。2005年召开的第十届全国人大三次会议上，温家宝总理在《政府工作报告》庄严宣布： 明年将在全国全部免征农业税。原定５年取消农业税的目标，３年就可以实现有26个省提出提前免农业税，涉及7。3亿农民，减少农民负担200亿元。免征农业三税将惠及农民800亿元。
二、取消农业税的历史意义
取消农业税体现了党中央解决三农问题的坚强决心，没有农村的小康，就不会有全国的小康；没有农村的现代化，就不会有全国的现代化，没有农村的和谐，就不会有城乡的和谐。以十六届四中全会重点解决三农问题为推动，在新一届中央政府以工促农、以城带乡，实现城乡统筹发展，建设和谐社会发展思路指导下的农村改革的新突破，新成果，新举措，对于从税收制度上、体制机制上、经济和分配上、政治文明建设等诸多方面将产生重大的深远的影响。
（一）结束了在税收制度上增加农民负担的根源，开创了农业农民无税的时代，为逐步统一城乡税制度创造了条件。美国经济学家诺斯的研究表明，制度在经济发展中具有决定性和根本性。几千年来，农民负担之所以难以从根本上减轻、“积累莫返之害”的黄宗羲定律难以从根本上破解的根本原因，在于现行农业税制的落后性。现行农业税制是一种极端落后的与自然经济及小农经济相适应的税收制度，是一种缺乏税收公平性和法律主义基础的非规范税制，是一种加重种田农民负担的累退性税制。现行农业税制是形成税收内卷化和农村其它杂派的产生的根源。税收内卷化简单地说，农村其它的各项费用却是搭着农业税这辆大车，随着农业税一起下达并一起征收的，农业税如果增加一点，其他费有可能增加二点，甚至增加的更多。这就形成了所谓的“头税轻，二税重，三税四税无底洞”。取消农业税，就是从根本上为消除农民负担创造了条件，提供了制度保障。为第三步改革，为逐步统一城乡税制度创造了条件。
从长远来看，我国应当采取国际上的通行的做法，改革现行农业税、农业特产税制度为征收土地使用税、增值税、企业所得税、个人所得税。土地使用税是以农户第二轮承包用于农业生产的土地为基础据实确定。根据不同的土地等级确定不同的征税标准。同时对农业产品收入征收增值税，对农业所得征收企业所得税和个人所得税。对农业产品取得的收入同其他行业一样征收增值税，对农业所得征收是指从农用的土地取得的租金收入；在农业用地上通过农业运营，比如农产品的加工、饲养或收到的实物租金或这类产品的出售取得的收入；从农业建筑物获得的所得。同时建立完备的农业补贴政策和税收优惠制度，使农业税收保持较低的水平。完善地方税收体系，逐步建立以财产税为主体的地方税体系，提高地方税收的比重。扩大地方税收开征和管理权限，建立地方税收征管体系。
