任何权利、义务在法律上的设置，都蕴藏着冲突和协调，也因此划定了权利和义务的界限。股东查账权的人律，既意味着股东权对公司经营权的制约，也意味着公司经营权对股东权的反制。股东查账权与公司经营权的冲突构成了
公司法设置和调整股东查账权所面临的基本矛盾。由于控股股东、实际控制人的存在，这一基本矛盾中又可能蕴含着另一层矛盾——中小股东与大股东之间的矛盾冲突。这两对矛盾的平衡协调应当始终是相关立法和司法的基本任务。
股东查账权的行使可能给公司正常经营带来的损害主要存在于以下几个方面：（1）如果股东过于频繁地行使查账权，可能使公司经营管理者疲于应付，妨碍公司业务的正常运转。（2）股东如果缺乏必要的专业知识，对公司会计账簿的查阅并不能必然使其真正了解公司财务状况，反而可能带来不必要的误解，并误导股东正确行使权利，对公司正确决策产生不利影响，也可能给公司经营管理者带来更繁重的解释负担。（3）股东通过查账所知悉的公司商业秘密如果得不到有效保护，则可能损害公司正当的商业利益。当然，保守公司商业秘密是股东应负的法律义务（虽然
公司法对此并没有明确的规定），而非股东行使查账权时所负的特殊义务。
虽然认识到上述这些可能的损害并对股东查账权进行适当限制是非常必要的，但如果以这些可能的损害而不当地限制股东查账权则可能从根本上损害股东权益。这是因为控股股东或实际控制人损害公司利益或中小股东利益的通常手段即隐瞒公司真实财务状况，进行虚假陈述，并以可能影响公司正常经营或可能损害公司商业利益为由拒绝查阅账簿，如果中小股东的查账权得不到有效保护，则这种损害就可能更加肆意。在这种情况下，股东查账权与公司经营权的矛盾可能掩盖着中小股东与大股东特别是控股股东和实际控制人的利益冲突。此时，股东查账权被赋予了另一使命——保护中小股东，法律的天平需要添加新的法码才能平衡其中的利益关系。
然而，这样的分析只是在法律正义价值指引下的一种事实分析，在上述冲突发生时，要准确地决定在何种情况下以股东查账权抑或公司经营权为优先，事实上涉及更为基本的问题——公司的本质问题。如果把公司视为股东的财产，则显然应当以保护股东查账权为优先：如果把公司视为一个相对独立的实体，则公司经营权应当得到更为优先的保护。根据关于公司法律本质的“社团理论”，“公司虽然千差万别，但仍然可依据公司的公共性来判断其独立性。当公司的公共性增强的时候，股东的加总意志和股东的意志的分离程度大，在这种情况下，法律应当赋予公司以更为独立的权力，董事会拥有更大的决策权，而可以更多地要求公司考虑社会利益、外部利益者，越趋向于stakeholder治理模式。” 就股东查账权而言，在公司的公共性较弱的情况下，应当赋予股东查账权更多的保护，对公司抗辩权的限制应当相对严格：反之，则应当对股东查账权予以更多限制，对公司抗辩权则给予更多保护。
