另外，由于保护程度不同、技术创新能力不同，各国对于无纸贸易所需要的受知识产权保护的技术及软件的可及性就不同，从而会影响其贸易无纸化建设的能力。通过对有关国家与电子商务有关的专利进行分析，我们可以得出相应结论。见下表：
数据来源 WPI WPI
（续一）
数据来源 WPI 印尼网站
（续二）
数据来源 智利网站
（说明：由中国专利检索咨询中心进行检索，根据电子商务依托的主要技术及产品类型，按照IPC分类表进行统计，表中数字为2003—2006公开的专利申请量。）
可以看出，各国在与电子商务方法及基础设施的产品和方法的专利数量差距巨大。在这种情况下，各国要实现贸易无纸化能力建设，往往就必须以不平衡的技术或者知识产权密集型产品贸易为基础才能完成。
（三）、贸易所需信息的真实性和贸易参与者的知情权得不到保障。由于电子商务的信息电子化，产品符号化的特征，因此，知识产权保护就成了保障消费者知情权的重要制度。例如，在传统贸易中，由于贸易参与者可以通过传统的质量检查及商标识别系统来对产品进行较为有效的识别和选择，而在电子商务和无纸贸易条件下，消费者及贸易参与者只能通过数字化形态的信息进行交易，因此，各国当局就必须对商品的识别系统进行有效管理，否则就会严重削弱无纸化贸易能力建设。目前来看，在无纸化贸易进行中，产品识别系统中最重要的商标保护环节仍然存在严重问题。包括：第一:恶意链接导致无法识别真实的贸易对象。由于链接技术比较简单，同时缺乏监管，一个未经授权的商业网站可以通过显眼的链接锚而直接链接到别的商家网站，这既损害了其他商家的商标权，也使贸易参与方无法识别贸易对象。二是搭便车（Free Ride）行为使贸易参与者成本增加，打击参与者的信心。例如，侵权人将权利人的商标藏匿在自己网页的源代码中，即便用户不能在该网页上直接看到权利人的商标，但当用户通过搜索引攀查找权利人商标时，侵权人的网页却能位居搜索结果的前列，很隐蔽地利用了权利人的商标利益。贸易参与方为了确定和识别真正的贸易伙伴，必须进行多方面的核实，使贸易无纸化的意义降低，打击了企业参与无纸化贸易的信心和积极性。由于这种侵权方式的科技手段很难被察觉，所以危害性相对要大得多。三是在顾客到顾客（C2C）的贸易形式下容易出现假冒货物交易。由于任何人都可以毫不费力的在BBS上发布和获取商业信息，甚至进行虚假广告，恶意宣传活动，使真正货物生产商的商标权在这种无监管的环境下被侵犯，同时也使参与者无法获得真正的货物。
（四）、知识产权保护的地域性与无纸化贸易的跨境性导致主权争议。根据现有的国际条约框架，知识产权保护是有地域性的，知识产权也是地域性的权利，由一个国家或者当局根据国内法授予。但是，由于依托于网络的无纸贸易本身具有跨越边境的特征，其中许多环节往往分散在不同的国家来完成，在知识产权未实现国际化的条件下，无纸化贸易往往导致主权争议，其中最明显的就是知识产权的授予标准及司法管辖的争议。对于知识产权授权标准来说，由于在先技术往往是专利授权的基础，因此，在网络上公开的技术就影响了各国专利机构的授权。传统上，技术落后国家采取的专利授权标准往往不高，例如中国等国的实用新型等“小专利”，这样的专利技术往往会激励中小企业的创新及技术的流动，会激励竞争。而在网络时代，由于受到外国专利法律保护的产品和技术通过无纸化贸易平台进行交易的事实本身否定了“小专利”等知识产权的生存空间，因此，使发展中国家的中小企业参与竞争的困难更多，而大公司、技术领先公司的竞争优势更加强化。对于司法管辖来说，由于无纸化贸易的跨境特征，使各国对知识产权案件的管辖出现争议，影响了贸易参与各方对贸易的可预期性和确定性的信心。例如，美国有关网络侵权案件就实行的“长臂管辖权”原则 。“长臂管辖权”在美国确立后，经半个世纪繁衍变化，内容日益丰富。从现实来看，美国“长臂管辖权”还呈现出不断扩张的趋势。随着信息时代的到来，美国法院又将长臂管辖权延伸至网络案件中。从其他国家的角度来看，美国法院“长臂管辖权”的类似于某种域外管辖权。因此，其他国家对此一直持批评态度。各国家如果均采取类似的管辖权主张，结果就可能导致全球所有法域都对网络侵权案件具有管辖权，造成国际民商事案件管辖冲突的泛滥。这既有损于国家司法主权也不利于保护当事人双方的合法权益。
（五）、国际上尚无有关无纸化贸易的知识产权协调机制和发展框架。一方面，各国并没有意识到无纸化贸易能力建设中的知识产权问题是一个特殊的问题，一般采取对待普通知识产权问题的态度来对待，因此，并没有建立解决无纸化贸易能力建设中的知识产权问题的意图，因此，无法针对贸易无纸化能力建设提出有关知识产权的统一政策。另一方面，采取传统的知识产权协调方式面临很大困难，不能建立适应无纸化贸易发展的需要的知识产权协调机制。例如，在东南亚国家联盟组织成员国中，近些年，围绕着在国际贸易中知识产权作为相关的贸易标准的意识的抬头，东盟成员国也在国内加快了知识产权的立法进程。但是，在东盟各成员国内部，由于技术支撑能力的不一致、各个国家的法制体系完备程度的不同、各个国家的政治结构运行和经济贸易开展的程度不一，导致东盟试图以欧盟知识产权法律一体化为其模版的知识产权法律体系很难建立起来。当前，东盟试图完善既有的知识产权法律体系，试图以更为开放的姿态吸纳各成员国的相关电信运营商进入其国内的电子商务市场。但是，囿于其当前所存在的法律完备性程度比较差、司法自组织能力的弱化、政府在加强电子商务领域的法律规范建构仍然较为落后 。从目前来看，东盟各国所必须细致地将其既有的法律体系进行更深层次的改造，尤其是对于电子商务领域的知识产权法律制度尚待完善。
