商业方法专利造成的问题是显而易见的。虽然商业方法是基于技术的，但是，商业方法本身并不是技术，无法用传统的专利审查方法来进行新颖性、创造性和实用性的判断，包括美国专利商标局（USPTO）在内的各国专利机构，没有足够的人员和文献积累，也没有办法确定专利审查领域通用的本领域普通技术人员的标准，因此，这既造成了大量申请无法批准，使商业方法的竞争陷入了不确定状态，同时，按照传统知识产权的评价标准，商业方法专利审批的质量也出现了大量问题 。专利审查的结果直接关系到商业竞争。特别是在商业模式受专利这一知识产权保护的情况下，在质量无法得到相应保障的前提下，开展国内和国际贸易的企业无法确定自己所进行的商业模式是否是合法的，因此，面临着巨大的风险，影响了企业采取电子商务从事贸易的积极性，也增加了企业采取电子商务方法开展无纸化的潜在负担。美国专利商标局承认：对于软件专利和商业方法专利，来说，存在两个问题，一是关于经营方式的专利授权方面没有确定的标准性法令，二是由于相关现有技术难以获得，使授予专利的时间过长，因此，可能出现失误的个案就会增多 。是为了解决这一问题，美国通过了《商业方法专利推进法案（2001）》，同意任何第三方根据显而易见性和缺乏创造性而对抗被批准的商业方法专利。
三、发展中国家无纸贸易知识产权问题
当前，知识产权保护制度对发展中国家无纸化贸易能力建设有着广泛的影响。这些影响主要包括：
（一）、法治建设难以适应无纸化贸易对知识产权保护的需求。以智利等国为例。就法律文本而言，智利的知识产权体系可以堪称完善，但是，智利当前的知识产权保护体系，在无纸贸易领域存在的最大问题就是：第一，其所订立的法律主要都是集中在传统知识产权类型，而无纸贸易所必需的知识产权保护体系，底层的网络平台，包括CA（Certificate Authority）认证、支付网关（Payment Gateway）和客户服务中心三个部分的中间的电子商务基础平台，以及第三个层面的各种各样的电子商务应用系统，在智利的各类知识产权立法中并不曾出现。在
专利法中，经济模式、商业计划、发现、科学理论、数学方法、外科手术、治疗方法和动植物品种都不属于专利和实用新型的保护范围。第二，智利的知识产权法律存在着职能部门多元化的问题，这样的分散化管理，导致了在知识产权的申请、规范、保护、纠纷解决等方面，均存在着制度真空。由于政出多门，导致了无纸贸易情景下知识产权管理的快速要求和政府管理部门的拖沓并肩而立的现象；尽管政府试图在知识产权的申请、审核等领域增加程序的透明度和公开度，但是，现在的情形并不乐观；向国际先进立法例援引立法制度，但是国内却存在着相关的制度机构配套的缺陷。这样的问题不仅仅一方面导致了智利在参与无纸贸易的过程中首先就落后，而且在其后续的发展过程中，进一步加剧其和发达国家的知识产权保护体系的差距，并使得其在国际经济贸易过程中进一步加剧其本就极为不利的贸易位置。中国也存在类似的问题，包括分散的知识产权主管部门及分散的立法等，都使有关无纸贸易有关的知识产权制度存在相互冲突或者没有规范的境地中。总体而言，目前的发展中国家所推行的法律策略主要是追随国际、特别是发达国家的知识产权制度，难以形成以促成本国的企业和国家贸易竞争力为要务的有竞争性的知识产权法律制度。这是发展中国家在法制建设中的最大软肋。
（二）、新型知识产权对于发展中国家无纸化贸易能力形成了一定的制约。例如，就金融领域的电子商务来说。一些跨国大型银行在发展中国家申请了大量的包括金融产品专利在内的电子商务专利，而且数量逐年增加。这些专利既涉及电子货币系统、销售处理支持系统和方法，也涉及集成全方位服务的客户银行系统及用于开启账户的系统和方法等与‘网上银行’业务相关的方法和系统等。商业方法专利在发展中国家的战略性申请，对发展国家在金融产品创新形成了很大制约，使金融竞争演变为基于技术的竞争，也是基于知识产权多少和权利范围的竞争。传统金融及商业竞争并不以技术为基础，因此，中小企业及大企业在类似竞争中基本处于平等地位，有平等的机会，有利于健康的市场竞争，而商业方法专利及类似知识产权的出现在一定程度上破坏了金融领域平等的竞争机制，使具有融资、规模等优势的大企业获得了更强的垄断地位。如果商业方法专利在发展中国家受到严格保护，由于商业方法专利及类似知识产权很可能导致电子商务领域的关键方法被少数大公司掌控，从而导致发展中国家在无纸化贸易的支付、结算环节受到知识产权的制约，必须花费大量的时间和金钱穿过重重法律障碍，需要额外支付知识产权费用，这必然影响发展中国家对于知识产权保护的政治意愿及无纸化贸易能力建设。
（三）、购买知识产权的额外支出影响了发展中国家无纸化贸易能力建设。知识产权保护的最重要体现是知识财产形成收入。也就是说，通过知识产权密集型产品的销售或者知识财产本身的销售（例如技术转移）来产生收益。在没有知识产权保护的情况下，由于技术的传播不受产权制度调整，因此，技术上落后的国家往往可以以较为便宜的价格（还需要支付技术应用的研究开发等费用）获得需要的技术。在无纸化贸易能力的建设过程中，大量的基础信息网络建设需要的商品往往是知识产权密集型产品，同时还需要大量的知识产权转让作为应用技术的基础。因此，发展中国家在缺乏相应知识产权资源的情况下，必须要通过外购的方式来满足自己的需求，为其增加了沉重的负担。
（四）、知识产权保护对发展中国家无纸化贸易能力建设往往形成技术性约束。由于无纸化贸易能力建设是一个跨国的系统工程，必须在一个相对统一的技术平台上进行，因此，发展中国家必须在技术能力还不强的条件下，达到相应的技术标准。缺乏类似的技术及技术人才，使得达到这样的标准化的技术平台面临着重大困难。而在知识产权保护制度的约束下，要达到相应技术标准就需要付出更多的费用，同时还无法掌握适应客观条件的本地化技术。例如，由于软件在各国受到专利或者版权保护，如果一个发展中国家进口了某种软件，那么，在未经过权利人许可的前提下，使用者往往无法根据实际情况进行调整和改进，这就使无纸化贸易平台建设在一个国家内受到版权保护的技术约束，面临实际的困难 。
