从严格意义上讲，城乡二元体制是一个多向度中性的社会经济现象。在经济层面，表现为城镇与乡村在所有制及其在交换、分配、就业、税赋等方面存在的政策差异；在社会层面，则表现为城镇与乡村居民在教育、医疗、劳动、社会保障、养老、福利等方面适用不同的政策。[6]长期以来，城乡二元体制被赋予了多种不合理的价值倾向和利益因素而被扭曲化。具体来说，我国城乡二元体制的不合理利益倾向突出表现为我国农民相对于城市居民而言在社会、经济、法律等方面享有不对等的待遇和权益。这种城乡不平等的现状具体表现为：城乡分割的户籍制度剥夺了农民迁徙和居住的自由；农民承受着不该由他们承担的重负；长期存在的“剪刀差”损害了农民的利益；社会保障制度只面向城市居民，而农民则被长期排斥在社会保障体系之外；在城市建设用地问题上存在着严重的城市剥夺农村的现象。
　　城乡二元体制被扭曲化的存在具有其深刻的社会历史根源、经济根源和具体制度的根源。在建国初期，这种二元治理模式是符合当时国家的利益取向——赶超型的现代化经济发展，是在当时工业优先发展的利益机制下一种较为合理的制度安排。世界各国经验表明，工业化初期都要在一定程度上牺牲农业、剥夺农业，用农业剩余来支持实现工业化。根据当时的具体国情，我国选择了以重工业优先发展的工业化发展战略，这就需要在初期动员一切财力、物力作为重工业启动资金，农业自然首当其冲。然而，在我国持续发生的经济体制改革和制度变迁过程中，这种城乡二元体制得以沉淀、延续，乃至进一步被扭曲化，必然使得资金、农产品等农业生产要素和农村资源，源源不断地流向工业和城市。这种短期性的现代化发展战略的实施，只能维持工业化暂时的快速发展。从长远来看，它不但不能支持工业和城市，反而制约了工业、城市、农村以及整个国民经济的可持续快速发展，使得国民经济比例失调，自然资源遭到极大浪费和破坏，农业资金积累不足，农业技术进步缓慢，农业劳动生产率低下，农业和农村经济发展滞后，农民的利益遭到严重损害，从而造成了农村社会种种利益不和谐的现象。因此，农村社区建设中要实现农村的利益和谐，必须要通过制度创新，按照统筹城乡发展的要求，逐步建构有利于促进改变城乡二元经济结构的制度体系。
　　（二） 市场失灵：发展资源配置非和谐
　　市场机制这只“看不见的手”，能使资源流向效率较高的部门，从而实现“帕累托最优”。市场是资源配置最重要的手段之一，农村要发展，农村的市场化是一个不可回避的问题。从某种意义上说，农村社区建设就是一个农村市场化的过程。而目前，我国农村市场尚不成熟，农村地区不同程度地存在着市场体制不完善的问题，如农村交通不发达，市场数量少，基础设施落后，层次低，农产品卖难的问题突出；市场制度不健全，垄断经营，强买强卖现象严重；政府对市场的不规则干预过多，使市场机制很难发挥应有的作用，工农产品的价格“剪刀差”依然存在，农民在市场交易中处于不平等的地位；农村要素市场发育缓慢，生产要素市场欠发达，土地市场、劳动力市场、金融市场、科技市场远未形成，以市场形成价格的机制尚未完全确立，还不能有效配置农村资源。此外，我国农民一般采取独立、分散的小规模经营模式，农户之间缺乏横向联系，面对市场风险和自然风险时往往缺乏保护自身利益的能力。再者，由于受传统农业思维和计划经济模式的影响，分散农户的商品交换、交易方式落后，商品竞争意识和市场风险意识总体上不强，在与组织化、专业化程度较高、竞争意识强的其他市场主体的利益博弈中往往处于劣势，利益被剥夺、流失的现象严重，农民增收困难，农业的发展缓慢。
　　另外，由于农业的弱质性以及农业的部门利润较之其他生产部门低，市场的介入将会使农村优质资源在利益的作用下源源不断地流向城市的其他高利润部门，从而进一步制约着农业的发展和农村社会的进步。

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