纳税人退税权的发生是关系到税法、行政法和私法的基本问题，尤其在“行政核定”下，因对核定效力的不同理解，产生了不同的理论。基于行政行为的公定力，在“行政核定”未被撤销或变更时，纳税人的退税权是否产生？“行政核定”本身能否被视为纳税人缴纳税款的根据？“形式法律原因说”认为，即便纳税人多纳或误纳事实存在，其缴纳的税款缺乏实体法依据，但若税务机关已经对税款进行核定，则该核定本身可以成为税款缴纳依据，因此，只有当该核定被撤销或变更时，纳税人的退税权才会产生。该说实际上肯定了“行政核定”对纳税人义务的形式创设作用，纳税人的退税权不得对抗行政行为的效力。
　　纳税人的退税权本质上接近私权，若要获得支持必须符合公法创设的既定秩序，但这是权利行使的障碍，而非成为权利产生与否的依据。纳税义务严格依课税要素确定，这是现代税法的基本要求。纳税义务因欠缺法定要素（如未发生应税行为、未进行法定扣除等）而未成立，则税款缴纳自无法律依据，退税权（实体权）当然发生，只是其实现须受公法秩序约束，如必须按照法定的程序、不得超越行政行为的效力等。基于此，“实质的法律原因说”认为，退税权产生于纳税人多纳或误纳税款之时。但在此基础上，有论认为，一旦“行政核定”效力归于消除，纳税人便可行使退税权，向税务机关为退税申请。这实际上是对退税权实现方式的误解，“行政核定”被撤销或变更时，撤销或变更这一新的公法行为（可能是行政机关作出，也可能是法院作出）必然创设一种新的公法秩序，在此基础上所为的税收返还（全部或部分返还）是变更或撤销行为的当然结果，因此，并非因纳税人为退税申请而实现了其退税权，也即纳税人无须申请，因“行政核定”被撤销或变更所发生的税收返还是一种当然的、自动的返还。
　　为避免“行政核定”可能使纳税人退税权实现不能的窘境，日本学者金子宏主张，税收核定对第三人的利益影响较小，无须考虑第三人对税收核定的信赖利益，因此，如果税收核定存在课税要件方面的重大瑕疵，即使该瑕疵并非“显而易见”[9]，也应解释为具备无效要件而使其无效[10]。根据行政法理，无效行政行为因“重大违法”而自始无效，相对人可以不履行该行为为之确定的任何义务，并且对此种不履行不承担责任；甚至多数学者认为，无效行政行为一开始便不具有公定力[11]。如此，则纳税人退税权的实现可能大为提高。但存在多纳或误纳事实时，“行政核定”并非总归于无效，因此，无效抗辩的适用空间受到很大限制。因“行政核定”致使纳税人多纳或误纳税款的，大多是应撤销或可变更行政行为，在撤销或变更前，纳税人不得为任何无效抗辩，且行政行为无效判断须严格依法为之，单纯核定有误不足以认定该“行政核定”无效，因此，无效抗辩在税法上不具普遍性，难以成为纳税人退税权的主要实现方式。
　　基于税收征管法第51条未对“自我课赋”与“行政核定”下退税权的不同实现方式、实现程序作出规定，有主张认为该条只宜适用于未经税务机关行政核定的多缴税款。如前所述，“行政核定”下退税权的实现要较“自我课赋”复杂得多，仅就该条的可操作性而言，它的确难以适用，但从文义无法作此推断。法律适用范围未被明确限定时，只能对其作普适性解释，因此，该条适用于所有情况下的退税权。因其规定模糊，须在立法上作出修改。限定其适用范围的不足在于无法弥补法律空白，“行政核定”下的退税权更需有细致的规定。
　　此外，对该条所定三年期限，论者多对其作除斥期间或消灭时效的理解，正如前文提及，两种观点在理论与实践上都有着无法逾越的障碍，因此，只有突破除斥期间与消灭时效的限制，方可走出退税权的理论悖论。

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