三年的期限规定也与诉讼时效制度原理不符。根据我国民法规定，诉讼时效自当事人“知道或应当知道”其权利被侵害之日起计算。对诉讼时效起算点如此设定，是基于权利的存在有时当事人并不知晓，若从事实发生之日起算，权利人知晓后可能时效已经届满，不利于权利保护。诉讼时效的主要作用在于督促权利人及时行使权利，因此，自“权利可以行使”之时起算是各国通例，也唯有如此才符合时效设定目的。就退税权而言，纳税人“发现”多缴税款之时，也即其“知道”权利被侵害之时。如果认为三年期限为诉讼时效，则该期限应该从纳税人“发现”多缴税款之日起算，而非法定的自“结算缴纳税款”之日起算。此外，诉讼时效适用法定的中止、中断规定，据此，若纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现多缴税款，并向税务机关申请返还，是否三年的期限自动中断而重新起算？显然，根据现行法的规定，无法得出此结论，这一结论也与立法精神相悖。
根据税收征管法第51条，只要纳税人在结算缴纳税款之日起三年内发现多纳或误纳税款，就享有了退税申请权，而其申请权必须在何期限内行使，仅就该法条并不能得出结论。因此，三年期限仅是退税权的行使条件，而非其行使期限。法条的意思非常明显，只有在三年内发现多纳或误纳事实，纳税人的退税请求方可获得支持，否则税务机关可以不予答复、不予退还，尽管事实上可能确实存在多纳或误纳税款。
在承认税收法律关系性质为公法之债的基础上，私法上的相关理论便可运用于分析纳税人的退税权。我国民法通则规定，诉讼时效期间从知道或应当知道权利被侵害时起计算，但从权利被侵害之日起超过20年的，人民法院不予保护。因此，20年的规定实际上是对诉讼时效起算点的限制[8]，要求“知道或应当知道”的时间需在事实发上时起20年内，否则便丧失两年的诉讼时效，也即只有在20年内“知道或应当知道”，权利人方可享有保护其实体权利的程序权利。对比可见，税收征管法三年的期间规定与
民法通则20年的规定性质类似，纳税人发现（相当于“知道或应当知道”）其多纳或误纳税款的时间必须在自结算缴纳税款之日（相当于“权利被侵害之日”）起三年内，否则其退税权不能获得支持，而不论是否存在多纳或误纳事实。
由此可见，三年期限，它本身既不是除斥期间，也非消灭时效，而仅仅是对纳税人退税权行使条件的限制。民法上除了20年的起算点时间限制外，还规定有独立的两年诉讼时效，而我国税法却只设定了退税权（请求权）消灭时效起算点的最长时间限制，实际上并未规定消灭时效。
二、纳税人退税权之理论悖论
立法规定的模糊性必然无助于共识的达成，表现在退税权的发生、行使方式、行使期限等方面各种理论歧见纷呈。各种理论对立法悖论解释乏力，致使其不敷适用，不仅表现在理论之间的难以包容，同一理论的冲突也时有发生。
