股改之前大股东的股份不能在二级市场上直接流通，因此其获取收益的显性渠道只能是股权的协议转让。受协议转让的成本、程序、受让方、流动性等因素的制约，股改前大股东获取股权收益的显性途径并不通畅。在这样的背景下，大股东只能通过关联交易等隐性途径来获取利益。股改前大股东通过关联交易获取利益的模式主要有：上市公司通过大股东销售商品，销售后大股东将货款滞留形成对上市公司的应付账款；大股东将实物资产、无形资产、土地使用权、股权等以高价出售给上市公司；大股东与上市公司之间进行不公平的资产置换或资产重组，从上市公司攫取金钱收益；大股东通过委托贷款或理财的方式从上市公司拆借资金，等等。
股改完成进入全流通时代后，可以肯定，大股东和上市公司的关联交易并不会因大股东股份流通性质的变化而消失，但由于大股东盈利方式和利益取向的变化，关联交易本身也会出现性质、形式和手段上的变化：
1. 资本市场盈利放大作用将刺激大股东通过关联交易等方式向上市公司输送利润，以拉升二级市场股价，获得超额资本利得。
2. 上市公司向大股东增发股份，用以收购大股东资产，成为一种普遍的关联交易模式。增发与收购的“买”与“卖”，形成了双重关联交易，其增发价格、增发时机、资产素质、资产定价、资产评估等诸环节可能存在诸多猫腻，可能形成新型的隐秘的利益输送或掏空模式。
3. 无法通过股改的公司被边缘化，丧失再融资资格，大股东通过关联交易掏空上市公司，再伺机将烂包袱抛给下家或市场的风险可能增加。
4. 通过股改的公司大股东可以关联交易方式操纵公司盈余管理，如在禁售期通过关联交易减少利润，禁售期结束通过关联交易放大利润，从而影响二级市场股价，减持套利。
5. 为了规避
公司法和新会计准则对关联交易的规制，大股东刻意将关联交易复杂化、隐蔽化，如增加关联方的控制层次，将原先为直接控制或影响的关联方，转变为由中间企业间接影响和控制关联方，甚至出现表面上没有关联关系的一方或多方中间衔接，使关联交易更加难以辨认。
（五）整体上市和资产注入行为增加
整体上市和资产注入通常采用定向增发、换股等方式，由于大股东整体上市和资产注入动机的多元化和各个公司具体情形的差异化，整体上市和资产注入对资本市场并不是百利而无一害的。在认识到整体上市和资产注入增加资本市场供给、提高上市公司质量、强化资本市场资源配置功能的同时，我们也应该清醒意识到整体上市和资产注入可能衍生的一些问题。
1. 资产注入成为大股东调节股价，谋取暴利的工具。具体表现在：大股东选择在限售股解禁敏感期内披露资产注入信息，配合其在股价高位套现牟利；大股东在重大资产注入方案公告之前秘密增持股份，在消息大白于市场后减持股份；在增发价普遍低于市价的情况下，大股东可能一边高价减持股份，另一方面以增发形式从上市公司中低价获取股份，此消彼长，获取暴利，如果大股东有足够多的资产，可以以此循环模式从市场获得丰厚回报。
2. 虚假或不公平的资产注入可能损害上市公司和中小投资者的利益。具体表现在：股改期间许多公司大股东除了对价之外，还追加了资产注入承诺，在股改结束后多方推诿不予兑现股改承诺，损害了投资者的期得利益；大股东以资产注入为幌子，大肆张扬，未见动作，待股价全面上涨后偃旗息鼓，若无其事；大股东以不合理的价格向上市公司注入资产或将劣质资产冒充优质资产注入，变相掏空上市公司，侵占上市公司利益。
3. 资产注入可能助长大股东内幕交易和市场操纵的不良现象。由于市场对大股东资产注入的正面预期，大股东可以通过调控资产注入信息发布时机、发布方式、注入的具体资产、注入时间、注入方式、注入价格、报批程序和环节等各个要素，或单独、或与机构勾结、或与高管共谋、或通过代理人和代理公司从事内幕交易、市场操纵等违法行为获取暴利。根据天相投资统计数据，自2006年初至2007年9月，发布定向增发公告的上市公司有365家，公告前夕276家股价出现不同程度的上涨，占比77.53%；其中179家在公告前2个交易日涨幅超过5%。资产注入前夕股价频频异动，说明其间大量存在着内幕交易和操纵市场的嫌疑。
三、股份全流通后大股东与中小股东关系的变化
股权分置的弊害不在于股份不能自由流通本身，而在于由此造成的“利益分置”。在股权分置条件下，大股东与中小投资者非但不存在共同的利益基础，而且在许多情况下利益处于对立和割裂状态，由此导致大股东损害上市公司和其他股东的行为屡屡发生。股份全流通最大的变化在于股东获得平等的流通权利，同股同质，同股同权，大股东和其他市场主体的利益日益相关。
（一）大股东与中小股东利益初步关联
股改消除了股价分置，大股东和中小股东所持股份不再有不同的价格，双方的利益通过二级市场的股价绑定在一起。二级市场股价上涨则大股东市值增加，小股东账面盈利，二级市场股价下跌则大股东市值减少，小股东账面投资亏损，双方建立了“一荣俱荣、一损俱损”的利益伴生关系。
全流通使大股东关注二级市场的股价变化，可能采取低价增持股份、分红或高价转让少数股份而获益。与股权分置时代不同的是，中小股东利益并没有因此受损，而且还获得部分收益。无论是增持股份还是分红都不减少中小股东的存量财富，且都有助于提高股价，分红更是带来直接的收益。增持股份和分红的方式向市场发送强烈信号，说明公司股票具有投资价值，有助于稳定市场中小投资者的信心，实现大股东和中小股东共赢的局面。
此外，全流通后整体上市和大股东向上市公司注入资产蔚为成风，整体上市和资产注入有助于提升上市公司的整体投资价值，使所有股东从二级市场股价上扬中获得收益。
（二）大股东获利渠道的变化
