首先是与善意取得制度的冲突。善意取得制度的本质特征是赋予占有人在无权占有的情形下仍可取得物权的一项授益性制度，而原物权人却因此丧失了恢复其物权的权利。善意取得与返还请求权制度之间显然存在着交叉和矛盾的情形。也即当原权利人依据返还请求权制度主张返还原物及其孳息时，有可能遇到占有人以善意取得制度作为依据而拒绝返还并要求取得其物权的抗辩。此时，到底是返还请求权或是善意取得应获优先保护即成为一个司法实务无法回避的问题。笔者认为，判断何种权利优先应当以占有人的占有真意和占有对价来作为判别依据。
当占有人之占有目的是以“所有”的意思而占有该物并支付了合理的对价则其可以构成善意取得，此时善意取得之效力优于返还请求权。因为善意取得是由“善意”和“取得”两组意思行为结合而构成的一项物权取得制度，即设立善意取得制度之特殊目的就在于对原物权人的权利进行合法限制，故此种情形下的返还请求权不能对抗善意取得；反之，如果占有人根本没有“所有”的意思而为的占有，则即便其占有行为是善意的，也不能适用善意取得制度，因占有人并无取得该物权的占有真意，此时即应适用返还请求权制度。值得注意的是，根据司法判断如果占有人在占有之际尚无“所有”的占有真意而在发生权利纠纷时又主张所有权并借以对抗返还请求权的，则其不能构成善意取得，此时的返还请求权亦应优先。可见，在判别返还请求权之效力是否受制于善意取得制度时应当遵循占有真意原则。
其次是善意占有人在因维护占有物而支出的必要费用未获清偿前能否对占有物行使留置权的问题。
物权法第
243条对有关必要费用未获清偿的情形下占有人如何保护自己的费用求偿权未作规定。有理论认为，占有人可依据“同时履行抗辩权”来对抗原所有权人的权利主张。但笔者认为，此时占有人应适用留置权制度而不是同时履行抗辩权来保护自己的合法权益。
同时履行抗辩权制度是
合同法设立的债法上的抗辩机制，其适用的前提是双方之间存在合同关系。留置权属
物权法的范畴，其适用的前提是合法占有，但并不要求必须基于合同行为而产生的占有。实际上，由于善意占有的本质特性就是无权占有，故其与原所有权人之间不可能存在合同关系，当然即不存在适用同时履行抗辩权制度的法律空间。反之，留置权制度却可以作为善意占有人权利保护的有效机制，因为善意占有虽属无权占有但却又是法定的合法占有，且其费用求偿权与占有状态是基于同一法律关系的产物，故善意占有人适用留置权制度作为维护自己权利的依据是
物权法上的合理手段。
