3.3 判定种子缺陷的依据和方法。判定转基因品种缺陷的依据是农业转基因生物安全管理法律法规；判定方法是由国家农业转基因生物安全委员会对农业转基因生物的安全进行评价。判定药剂处理种子缺陷的依据是《
民法通则》；判定方法是由种子事故处理机构委托鉴定机构对缺陷种子与损害结果之间的关系和造成损失的程度进行鉴定。
3.4 判定种子缺点的依据和方法。
3.4.1 判定主要农作物种子缺点的依据是农业技术推广法律法规，如《
农业技术推广法》和《
主要农作物品种审定办法》。缺点品种由品审委员审核公示，农业行政主管部门公告，停止生产、经营、推广缺点品种。
3.4.2 判定非主要农作物种子缺点的依据是《
农业技术推广法》。判定方法是由田间现场所在地种子管理机构依据《
农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》规定的程序和方法实行田间现场鉴定，确定不适合农业生产需要或有难以克服的缺点和造成损失的程度。
4 各种子质量问题之间的联系。
种子质量虽符合法定或约定的标准即合格，但仍可能存在某种缺陷、瑕疵或缺点。因为不但合同约定的质量标准会受到当事人认识水平的限制，即便国家制订的有关种子质量标准也会受到现有的科技发展水平等多种因素的制约，在实践中难免出现虽种子质量符合标准但却存在瑕疵、缺陷或缺点等质量问题。在我国，固然法律对很多种子和性状指标规定了质量标准，但也有很多种子和性状指标没有或无法制定标准。法律不可能对各种种子，每种种子的各种性状都指标化、标准化。如果法律和合同没有规定某种子的质量标准，某种子就不存在所谓质量不合格问题，但仍可能存在瑕疵、缺陷或缺点等质量问题。例如，2007年江苏苏北地区种植的武育粳3号水稻种子，播前经检发芽率符合国家标准，但播后出苗率极低或出苗后长不成植株；该批种子就属于不具备正常出苗、生长和发育性能的瑕疵种子。不能因为我国没有制定种子活力标准，无法判定该批种子为不合格种子，就否定其存在种子质量问题。
