本文作者认为：有关CEPA性质的争论，其实质在于学者们试图以传统的理论解释新生的事物，然而这一努力无异于缘木求鱼。从认识论的角度出发，是先有实践，后有理论，而不是相反。正确的理论固然可以指导实践更好地发展，但陈旧的理论不能指导最新的实践。实践发展了，就必须进行理论创新，而不能抱残守缺，为旧的理论招魂续命。正如鞋和脚的关系，脚是目的，鞋是手段，当鞋与脚的矛盾凸现时，要调整的是鞋而不是脚，否则就会陷入削足适履的误区。所谓国内法与国际法的划分依据，都是根据过去已有的法律的表现形式作出的，体现了彼时学界对既存法律制度的认识。名可名，非常名（老子．《道德经》第一章），很多传统上截然分开的法律概念，随着法律的发达演进也都出现了交叉和融合，即各种所谓“化”的趋势。比如公法私法化、私法公法化、物权债权化、债权物权化等等，不一而足。国内法与国际法也是一对相比较而存在，相斗争而发展的名词概念，实践中出现两者交汇的情形并非不可能，而CEPA正是这一可能成为现实的明证。因此，传统的国内法和国际法概念都不足以说明CEPA的法律属性。
然而，本文作者亦不赞成CEPA既不是国际法也不是国内法的观点，而是主张根据实践的发展重新界定国内法和国际法。传统理论上，国内法与国际法的差异很多，但其本质区别在于适用范围和调整主体，这是矛盾的主要方面；而其产生、运作程序只是旁枝末节，是矛盾的次要方面。事物的性质，应当是由其矛盾的主要方面决定的。基于这一认识，本文作者认为CEPA是调整一个主权国家范围内两个政府行为的法律规范，其适用范围也在一国领土范围内，故应当归入国内法的范畴，当然这里的国内法应当重新作出解释，仅以其适用范围和调整主体加以定义，其产生、运作程序只是一般特点和外在表征，不是本质所在，不对法律规范的性质起决定性作用。
学界对CEPA是一国领域内的区际法律安排或区际贸易协定几无异议，但对其属于传统的国内法还是国际法范畴多语焉不详。但也有个别论者明确提出CEPA这种区际协议不属于国内法的范畴。[29]这种观点，似乎要将类似的区际协议划分为游离于国内法、国际法之外的一种独立的法律类别。本文作者认为，此举不但没有现实的必要，在理论上也是画蛇添足。除了上面分析的立论依据之外，我们还要注意这一问题：CEPA的确是中央政府与特区政府签署的协议，但是香港特别行政区是中华人民共和国的一个享有高度自治权的地方行政区域，直辖于中央人民政府，其享有的高度自治权（具体包括行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权等）都来自全国人大的授权，其法律依据是全国人大制定的《
香港特别行政区基本法》第
二条、第
十二条以及其他有关条文。因此，香港特区政府与中央政府签署协议的权力，直接来源于全国人大制定的法律，所以从这个角度上说，CEPA完全是中华人民共和国法律体系的一个组成部分。
三、CEPA的争端解决
经济交往的增加必然伴随着利益冲突的增多，从而也需要一套完备的争端解决机制来化解矛盾。CEPA的有关争议如何妥善解决，也是近来讨论的一个热点问题。
1、WTO的争端解决机制可以适用
中国内地、香港、澳门都是WTO的成员，其部分经济活动属于WTO的管辖范围，就此发生的争端，当然可以通过WTO的争端解决机制来处理。
有论者提出：WTO的争端解决机制无法在CEPA中直接适用。这是因为：首先，WTO争端解决规则作为多边贸易体制下的产物，必须协调各成员方的利益，蕴藏着缔约方的斗争与妥协；而CEPA是同一主权国家的区际协议，根本利益是一致的。第二，WTO争端解决以报复作为最后的执行手段，强化了这套司法制度；而CEPA没有必要设置报复来维持两地的贸易平衡。第三，无论欧盟还是北美自由贸易区都没有直接适用WTO争端解决机制解决内部争端的先例，CEPA没有直接的先例可循。CEPA适用WTO争端解决机制只会使一国范围内的经贸问题“国际化”，增加问题的复杂性。[30]
本文作者认为，至少以这几点理由来支撑WTO的争端解决机制无法在CEPA中直接适用的论点是不够充分的。
第一，集体利益和个体利益、眼前利益和长远利益之对立和统一是普遍存在的。所谓“根本利益”，也有不同的序列。从终极层面而言，全世界、全人类的根本利益都是一致的。但不能以根本利益的一致否认利益冲突的存在，以及强制性法律程序适用的可能。
第二，WTO争端解决机制包括多个阶段和程序：协商、斡旋、调解和调停、仲裁、专家小组程序、上诉、争端解决机构决定及其监督实施、制裁等。争端解决机制的目的是确保对争端的积极解决，而报复只是最后手段。[31]何况，WTO争端解决机制的管辖权具有强制性，除非当事人协议以其他方法解决纠纷，否则争端一方因争端未决而启动专家小组程序是法定的权利，另一方无法阻断。[32]而专家小组已断定一成员方不履行有关适用协定规定从而对受害成员方构成损害，则是后者请求行使报复权利的前提之一。[33]如果其他有关条件也成熟，则报复即可适用。易言之，除非CEPA另行约定，否则报复的施行并不以被请求成员方的意志为转移。
