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四是不利于政府对企事业单位知识产权工作进行全面指导，直接影响了企业单位的自主创新能力和管理知识产权以及应对知识产权纠纷特别是涉外知识产权纠纷能力的提升。
五是不利于知识产权对外交流、协调和合作。由于机构分散，在对外交流与合作中，不利于协调统一我国知识产权对外立场和观点，影响了我国知识产权保护的国际形象。跨国企业对此也表示不满，称我国知识产权体制是“分散的、拼拼凑凑的体制”。
从实际状况上看，入世几年来，我国经济与世界经济的交流和碰撞更加明显，参与市场经济竞争的企事业单位的知识产权意识提高很快，正快速地学习并利用知识产权这一工具，对政府应该提供的知识产权服务职能要求也正在提高，而目前的政府知识产权工作还不能完全满足其需求。在经济发达地区，这一需求更为明显。当地企业已经处于国际竞争的最前沿，而知识产权政府部门则处于维持、疲于协调的状态，力量十分薄弱，不能提供一个良好的政策和环境，也不能有效并及时的为市场竞争主体提供服务和指导。
可以说，目前知识产权的分散管理体制已经不适应知识经济发展的要求，应顺应知识产权的发展规律，整合知识产权的管理机构，建立统一的知识产权授权和管理机构，减少职能交叉，提高行政效能。
当前，地方政府对于知识产权机构、机制建设存在的问题不是没有认识，也在采取积极措施，力图在体制机制上有所突破。例如，目前，深圳市已经实现了专利和版权机构的合并，合并两年来，运转效果良好，产生了积极的效应，该市正在积极尝试将专利版权机构与商标管理进行整合。苏州市于近日也将专利与版权管理机构合并。杭州市正在积极酝酿成立统一的知识产权领导小组，统一协调机制。但是，基于我国长期存在的上下对口的机构设置原则和中央、地方一致的原则，地方政府对于整合知识产权管理机构仍然顾虑重重，多希望从中央层面推动知识产权管理机构的整合以及统一高效的协调机制的建立，以中央的机构改革推动地方机构改革。
第一，建立统一的知识产权管理机构符合知识产权内在客观规律。
国际知识产权管理的实践和发展趋势表明，统一的知识产权管理机构是实现知识产权有效管理的必然要求。专利、商标、版权等都属于知识产权的不同形态，都具有共同的本质属性，即无形性、专有性、地域性、时间性和可复制性等。知识产权的这些共同的本质属性使得知识产权自成体系。知识产权的这些共同本质属性决定了专利、商标、版权等知识产权在创造、管理、保护和运用各个环节上具有内在相似性和密切相关性，统一的知识产权管理机构符合知识产权本质的一致性、内在规律的统一性。
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