票据清偿协议以当事人取得票据权利、限制基础关系为效果意思。票据清偿协议以意思表示为要素。该意思表示中的效果意思有二：其一，为基础关系中的权利人设定票据权利，通过票据权利的兑现来实现基础权利的内容；其二，限制基础权利的行使。
票据清偿协议的形式不受限制。实践中口头形式居多而书面形式甚少。此外，尚有既无口头约定又无书面协议而仅存票据授受行为的情形。对此，应推定票据清偿协议的存在。之所以推定票据清偿协议的存在，是基于如下原因：如前所述，只要一个智力健全的人均不会无故签发票据。在签发票据的过程中，行为人除具有为实现基础权利而设定票据权利的目的外，还具有限制基础权利的目的。为交易安全，法律将设定票据权利的意思表示从整个过程（行为）中抽离，使之成为一个无因行为，超然独立于整个过程（行为）之外。从而原因之欠缺或不存在不影响法律行为。 [20]票据行为无因性并非客观上之无因，而是价值判断、利益权衡的立法政策所致。据此，当事人若未明示票据签发或背书限制基础权利的，应推定该限制基础权利的意思表示之存在。这是无言自明的协议，可依票据授受行为而推知。
票据清偿协议产生双重效力，一是创设独立、无因的票据权利，二是影响基础关系。前者，因票据设权而形成票据关系，受
票据法调整。后者，改变了原有基础关系，使原定权利义务关系发生了变化，受民法调整。基于票据无因性，票据权利人在行使票据权利时可不顾及基础权利有何变动，但其在行使基础权利时必须考虑票据签发协议对其影响。
（二）票据清偿协议的性质
票据清偿协议如何定性？其对基础关系产生何等影响呢？应依口头或书面协议所载内容确定其性质及对基础关系的影响。当双方约定不明或未明示约定的，则应从有利于债权人的角度作出推定。
票据清偿协议并非债之清偿行为。清偿，是依债务本旨而实现债务标的之给付的行为。 [21]清偿行为的实施使债权人获得了债权利益，实现债的目的。然而，票据的签发或背书并未能使基础关系中的金钱债权利益得到实现。票据虽为有价证券，但它毕竟不是现金，而是权利凭证。权利的实现有赖于义务人履行义务。只有一种情形可将票据的签发或背书认定为清偿，即：票据直接作为交易客体。当事人以票据作为交易对象而发生基础关系时（如，一方出价购买另一方的票据），债务人签发票据为一种清偿行为。然而，这种现象在现实中极为罕见。
票据清偿协议可以是代物清偿，但它只适于约定，不适于推定。代物清偿，是以他种给付替代原定给付的行为。 [22]他种给付与原定给付存在价值区别的现象时有发生，因而，各国民事立法均以双方合意为代物清偿之要件。票据的签发或背书往往是基于基础关系中的金钱给付义务，票据签发或背书后所形成的债为金钱之债，且票据金额与原定金钱之给付金额完全相同。乍一看来，两者一致，以签发或背书票据替代原定给付似乎得不经债权人同意而径直为之。其实不然，原定给付的标的是金钱，而代物清偿中的替代物则是票据。票据为一种权利凭证，与金钱不同。另一方面，代物清偿的效力为债的消灭。伴随原债的消灭，为原债设定的一切担保关系，如保证、抵押、质押等亦随之消灭。原担保关系已消灭，而新的票据之债却存在着不可预测之风险，这对基础关系中的债权人极为不利。因而，以签发票据的方式替代原定给付的，债务人、债权人必有明确的“代物清偿”的协议。无代物清偿协议的，不能将签发票据行为按代物清偿性质认定。
如无相反约定，票据签发协议应认定为新债清偿。所谓新债清偿，是指原定债之关系中的债务人以设定新债的方式清偿旧债。由于此类清偿是以设定新债的方法进行，虽名曰清偿，但债权人的债权利益却未得到现实的满足，故而原定之旧债并不因此种清偿而消灭。新债设定后，原定旧债依然存在，与主债相关的从属关系，如保证之债、抵押关系、质押关系亦不因此而消灭。又由于新债的设定旨在清偿旧债，因此，新债设定后债权人应先行使新设定之债权，不得将新债束之高阁、置之不理而继续行使原定之债权。否则，新债之设定为蛇足之举，毫无意义。原定旧债虽继续存在，但又不能行使，其效力处于暂时的休眠状态。旧债之主债如此，从属于主债之从债亦如此，债权人于接受新债后便不得向原定旧债之保证人行使保证债权，否则，保证人可基于主债务人的抗辩事由对抗债权人。当事人行使新的债权，债务人清偿新债务的，新债因此而消灭。与此相联系，旧债亦因此消灭。因为，新债的设定是用以清偿旧债，新债权获得清偿后，旧债之债权人的债权利益因现实清偿而获得满足，原定旧债当然消灭。若新债权经行使仍未获得清偿或新债权因某种原因不能行使，当事人仍得行使原定旧债权。此时，旧债权因未获清偿而复苏。
