按照市土地储备中心是市政府设立的土地储备机构，市区土地储备机构的关系处理可以参考以下方案：
方案一：划定一定区域范围作为市土地储备中心的储备范围，在该区域范围内，不再设立其他土地储备机构。另在郊区县以及特定区域范围内设立土地储备机构，作为市土地储备中心的分支机构，受市土地储备中心委托在各自的区域范围内实施土地储备，在业务上受市土地储备中心的领导和指导。北京即采用这种模式，北京市土地整理储备中心负责城四区国有土地的收购和朝、海、丰、石四个近郊区及十个远郊区县内中央及市属企事业单位国有土地的收购，并对各分中心业务工作进行领导和监督检查。
显然，该种机构设置模式在很大程度上是与土地的垂直管理紧密联系在一起的，在上海现行“两级政府、两级管理”体制下有一定难度，但实行土地垂直管理是大势所趋，2004年国务院提出这一要求，在全国大多数地区得到落实。
方案二：市土地储备中心作为市政府设立的土地储备机构，负责全市范围内的土地储备工作。非特殊情况或远郊地区外，不再设立其他土地储备机构。在特定开发区域或远郊地区设立土地储备机构，可以独立运作，但应纳入全市土地储备的规划及计划范围。
这种模式实际上是方案一的变种，同样涉及土地垂直管理的问题，对现行土地储备机构设置布局的变动较大。
方案三：基本保留现在各区县土地储备机构以及特定区域土地储备机构的设置及相对独立性，各储备机构在接受区县政府土地管理部门及特定区域管委会领导的同时，在业务上接受市土地储备中心的指导和监督，除市政府明确规定或委托项目外，市土地储备中心不具体实施土地储备运作，主要负责土地储备工作的指导和协调。
这一方案的优点在于对现行上海土地储备机构设置的变动不大，但在维持“两级政府、两级管理”的情况下，较难发挥市土地储备中心的指导和协调作用。
方案四：保留现在各区县土地储备机构以及特定区域土地储备机构的设置及隶属关系，市土地储备中心与各区县土地储备机构仍为相对独立，市土地储备中心可以在全市范围内实施收购储备。由市国土资源部门或市土地管理领导小组按照土地利用规划和供应计划将农转用等指标分配到市区土地储备机构，市区土地储备机构可以根据《储备办法》等规定单独或联合收储土地。
该方案对现行土地储备机构设置的变动不大，但这种设置的前提是充分发挥国土资源部门或土地管理领导小组的管理协调职能，同时由于市区之间存在着既竞争又合作的关系，一旦出现协调不到位，往往会给土地集中统一管理、集中统一供应增加难度。
3、建立政府主导的土地储备管理体制是顺利推行土地储备的有力保证
从各地土地储备的运作实效来看，强化地方政府对土地储备的领导、管理、协调、监督，是土地储备顺利推进的重要推动力。总结各地土地储备的管理体制，无论土地储备机构是是属于国土资源部门还是其他，几乎所有地方的政策法律都明确了国土资源部门对土地储备的业务领导或指导地位，市政府在土地储备的运作中起着重要的统领和协调作用。北京、天津、杭州、青岛、大连、武汉、郑州等地设立由市长或分管副市长为首，规划、国土、房屋、建设、财政、发改等各部门主管领导参加的土地资产（或土地储备）委员会或联席会议制度。即使没有设立类似机构，也常见由市长或分管副市长主持的土地储备专题会议协调各部门关系，推动土地储备的运作。
土地储备的运作在实践中会涉及到包括规划审批、计划立项、建设用地审批、资金筹措等各方面，在缺乏上位法支撑的情况下，没有政府的统一协调和支持是难以想象的。安德鲁·希尔顿的研究也表明：从政治问责制、都市规划以及目标来看，都市政府是管理都市土地储备的最合适的实体。
六、土地储备与区域规划、前期开发
1、区域规划、综合开发符合城市发展和规划要求
无论土地储备制度是被当作城市规划者的工具之一，还是作为实施规划的中坚力量，支持其他控制措施，但如果规划工具和土地利用控制的机制效率低下，土地储备将很难实施。
从法律法规看，我国《
土地管理法》规定，用地单位和个人应严格按照土地利用总体规划和城市规划确定的用途使用土地。《
城市规划法》规定，城市规划区内的土地利用和各项建设必须符合城市规划，服从规划管理。因此，土地储备要遵循规划先行，服从规划的原则，其中土地利用总体规划相对宏观，主要对建设用地和农用地做出限定，区域性规划则对土地储备项目提供具体的规定和要求，成为土地储备工作的重要依据和前提。
