第三、补偿立法层次繁杂
补偿关系着私人财产权的保障，根据法律保留原则，应由
宪法和法律来规范。从国外的情况来看，补偿的设定都是始于
宪法，终于法律。但当前我国的补偿领域，各层级的规范文件都可以设定补偿，这往往导致公民的补偿权利被虚置。以土地权利补偿为例，既有
土地管理法，也有行政法规，还有各种各样的规章、地方法规及其他更低层级的规范性文件。严格来讲，这种做法有悖于宪政与法治的基本原理。
第四、政府单方定价导致补偿标准不合理
土地征用的实质是一种强制购买，不同于税款的无偿征收。在这种买卖中，土地权人丧失的只是是否售出土地的决定权，但土地自身的价值不应因此降低。既然是购卖，就应当按照市场价格公平交易，而不应由政府单方定价。可以说，政府单方定价是导致补偿标准偏低、农民损失严重的根本原因。
第五、补偿金发放程序存在缺陷
现行补偿金发放程序环节过多，时限不明确。而且，土地补偿费发给村级组织，给被征地农民的只是安置补助费。这是补偿金被克扣、贪污及滥用的直接根源。
2、土地产权不明晰
现行法律规定的土地集体产权实际上是个笼统的概念。它主要是对生产经营方式的一种改变，与人民公社“三级所有、队为基础”的土地制度有着很大的历史继承性。农村土地的集体产权实际上是“一种无确定主体的产权”。承包经营权只是一种债权，而非独立的物权，土地使用权不应仅仅体现为承包经营权。这与十六届三中全会提出的明晰产权的要求不尽一致。应进一步深化集体土地产权改革，通过立法明确农民享有完整的土地使用权，确保农民的土地权益在征地中得到有效的体现和保障。
3、行政法制监督制度不健全
这是个老问题，也是个大问题。由于监督制度不健全，即使在法律有规定的情况下，有些地方在征用与补偿时也不依法办事。在征地中越权审批、该补的不补、任意降低补偿标准和克扣补偿金等现象早已屡见不鲜。其中最关键的是缺乏公正的司法监督与救济。
4、基层民主制度不完善
由于种种原因，村级民主自身发育还远不够成熟。同时，受上级干预过多，尤其是农村实行税费改革后，村级组织的行政化倾向、政府对村级组织的控制力实际上是加强了。在这种情况下，村干部又如何能在土地转让这样的重大利益问题上代表农民说话？村民对补偿金的分配和使用又如何有效的进行监督？
