自然法也是沟通永恒法与人法的桥梁，是理性动物（人）以其理性（上帝理性的印迹）对永恒法的参与，是上帝用来统治人类的法律。它之所以称为自然法，是因为人类世界就是神创造的自然世界的一部分，并且还表现着人类思维和活动的共同规律（自然规律），例如基本的道德原则等。自然法的根本律令就是追求善而避免恶，由“趋善避恶”导出的人所固有的倾向和基本原则是：他们要生活在社会里，要保存自己的生命，生养和教育孩子，寻求真理，发挥聪明才智。 [22]这一学说体现了人及其向善和自我发展的能力的一种坚定不移的信念。 [23]在阿奎那关于自然法的规定中，保全人的生命、维护人的各种本能、维持社会秩序这三大基础要素，是与自然的倾向和上帝的意愿相一致的。就开始承认人的独立地位而言，同把人看作自然的奴隶的古希腊自然法理论和把人看作上帝的奴隶的奥古斯丁的自然法理论相比，是一大进步。
人法是通过国家机关制定的法律，人法只有在符合“正确理性”时才具有法的性质。人法是根据自然法、最终是根据永恒法制定的。一切法律都是从立法者的理性和意志中产生的，但不得违反自然法，更不得违反神法。凡违背自然法的法律皆不成为其法律而是“恶法”，人民没有服从的义务。
阿奎那还认为，人类立法优于人治。但是立法必须贯注于公共福利的实现，必须以他在自然法中可以看到一些片断的习惯法为准绳。立法可能因制定的时间和环境的不同而不同，但其精髓是正义。正义的法律对良心有约束力，不正义的法律对良心没有约束力。对阿奎那来说，不是每一条实证法都符合自然法。法律可能违背公共福利，干涉立法者没有涉及的事务，或者不公正地分配负担。这些法律即是“暴力”。根据自然法，它们没有法律效力。 [24]阿奎那进一步指出，如果法律的制定仅仅促进立法者自己的利益，或超出法律赋予立法者或统治者的权力和程序，或强加不平等的负担于被统治者。那么，臣民与其相对抗就是正当的。值得注意的是，阿奎那尽管指出人们有权推翻这种法律以及强制推行这种法律的暴君，但是他仍忧心冲冲地认为，必须考虑暴力方式的弊和利，这种对抗只有在不妨碍公共安全和公共秩序，并不给共同体带来巨大灾难的情况下才是合法的。不言而喻，如果对法律的遵守将导致直接违背永恒的习惯法，则应当严格禁止。
阿奎那认为，除了自然法和人法，还必须有神法来指导人类的生活，达到可以称之为自然理性的境界。原因在于：第一，人的一切行为是受法律支配的，如果人追求的是适合人类自然能力的目的，有自然法和人法的指导就够了。但是，人法仅能约束外在行为，不能指导内在德行而引向人们希望得到超出自然能力的永恒幸福。换言之，人们仅凭理性能力是无法实现永恒幸福之终极目的，因而还需要得到神法的指导。第二，由于人类的判断往往不正确，尤其在一些特殊的偶然的问题上更是如此。所以，就有必要让成文的神法进一步指导人类的行为。第三，人类难以判断内心世界的活动，神法可以指导人们内心的活动并引导人们内在的诚实。第四，人的法律不可能禁止和惩罚一切恶行，这就必须有一种能够防止各式各样罪恶的神法。总之，所谓神法实质就是指上帝的启示和恩赐，而不是天生的理性的新发现。神法中有关社会生活的律令与自然法一致，如“勿杀人”与“自我保存”、“教养后代”相一致。神法与自然法并不矛盾，也不会使自然法无效，而且还可以补充人法的不足和纠正人法的错误。
阿奎那通过对自然法的新阐释，论证神法高于人法，而神法由教会解释，故教会法高于国家法，教会的权威高于世俗的王权。显然，这是教权遏制世俗王权的根据。同时，阿奎那用上帝的理性为自然法披上了一件神圣的外衣，并承认自然法是人类的普遍理性，这也有利于人类的自我保存和发展。他把禁止自我毁灭作为自然法的普遍法则，这些都为近代法治主义者以自然法来反对封建专制提供现代思想和理论武器。直到现代，阿奎那的自然法对西方法治实践仍有影响，例如对美国和德国的
宪法体制而言，它成为不可缺少的理论资源。
