由此，很快即促成1990年代“草根”政治研究的一波热潮，这波热潮无疑有助于政治研究摆脱集体尴尬。虽然从学科的整体状况看，新时期的政治学已经不能与1980年代复苏时的“显赫”相比肩，但至少我们可以说，此时的村民自治研究无疑为新时期的中国政治研究创造出一个成功的案例。以至于到1990年代末期，村民自治研究已是学术界一个颇具明星效应的领域，而村民自治本身也成为此一时期农村政治的代名词。完全可以说，正是因为有了村民自治研究这颗明星，政治学研究再度获得关注，农村研究也因此成为一个超学科和超专业的显学，引起各学科众多学者的涉入。乃至于有人认为，此一时期的中国研究几近进入一个言必称乡村民主的“草根时代”。
　　上述状况固然有学者努力的因素，但更是历史机缘风云际会的产物。明白了这一点，也就容易理解此一时期新生的农村政治研究从内容到方法再到立场上的种种特点。这些特点最为集中地表现为研究者对村民自治民主价值的关注与探讨，因为正是这种关注与探讨，成为吸引众多学者参与其中，并导致其产生跨学科影响的主要原因。因而，此一时期的村民自治研究在本质上是对中国宏观民主进程研究的替代，也正是基于这种替代，研究者对于村民自治的内容设计、价值探讨和前景展望，都将其置于中国政治体制改革与民主化进程的宏观背景与框架之中。
　　因此，对于村民自治的民主价值评价，遂形成为时人所归纳出来的“突破口”说、社会基础说、示范效应说、形式训练说、中国特色民主说等诸种观点。这些观点相互联系，互为补充、不管以什么样的方式表达，突出哪一方面的重点，都有其共同的基础，即高度评价村民自治之于中国政治体制改革所具有的自下而上的路径效应，充分肯定村民自治对于中国民主政治建设的基础作用，充分肯定村民自治对人民代表大会制度建设和党内民主建设的启发效应，充分肯定村民自治对于民主政治文化培训的重要意义，高度评价村民自治在开创有中国特色的民主发展道路与丰富民主政治理论方面的独特贡献。
　　村民自治研究在短时期内获得眩目高位的背后，实际上彰显出一种重新为中国政治发展探索路径的期盼，学术重心下沉所要言说的，实则是改革重心的转换。这一切无疑产生于现实，也正是因为现实变化很快，因此，若以专业的眼光打量，今天的人们会很容易地看到，这一时期的村民自治研究在学理和研究方法上均准备不足，存在诸多问题。正是这些问题，又使其在实践中实难承载起知识界（一定程度上也包括政界）对它的重托。
　　一个显著的局限是，村民自治研究虽然以基层乡村为场域，但它却仍然怀抱强烈的“庙堂”情怀。因此，村民自治研究与其说是要对农村政治本身进行研究，毋宁说是对宏大关怀的移情与替代，这样，研究者虽“身在农村”，却“心怀天下”。一位对村民自治实践发生过影响的官员就说：“村委会选举关键是让人民进入，为上面的改革提供一个稳定的农村基础。这是我们做这件事的一个前提。”这话清楚地表明村民自治实践眼睛朝上的特点。正是当时几乎所有投身此一事业的官员和学者都怀抱着强烈的天下关怀，将村民自治看作未来更为复杂的宏观政治发展的试验田和起始点，就始得这种研究看似身在底层，实质心系上层。其所思所忧者，首先并非在于村民自治对于改善后公社时期农村治理状况的功效，而是农村的基层选举何日能够以及如何能够向村庄以上更高层级的跃进。这就决定了相当一部分从事村民自治研究的学者实际上很难真正深入农村社会去发现乡村治理本身的问题，并寻找解释和解决农村问题之道。这也难怪，事实上村民自治的影响之所以能够如此迅速地溢出政治研究领域，成为一个为社会科学，乃至整个知识界共同追捧的热点，吸引众多学科、学者和研究生投身其中，其所依凭的也正是这种天下关怀。由此，必然决定这一研究在本质上的非农村性。过于强烈的宏大关怀与意识形态设定十分容易遮蔽研究者对研究主体——农村和农民本身的认识，或者使这种认识缺乏农村主位——或者说它的研究主体本身即非农村。所以，如火如荼的村民自治看似催生了继1980年代初土地家庭联产承包责任制改革之后的第二次农村改革的高潮（有学者誉之为“无声的革命”），而研究本身又不断从其公共逻辑中获得向上抬升的能量，催生出乡镇政治体制改革和乡镇直选（非行政学意义上的乡镇机构改革）的呼声，但这些研究和实践无论得失成败，却都最终未能起到改良乡村治理、提高农民政治地位的作用。一方面，农民获得了用手投票的权利，而一方面，因为更为宏观的原因，他们却又不断地以脚来放弃这一权利。于是，当李昌平在新世纪初以“我向总理说实话”的方式痛陈“农民真苦，农村真穷，农业真危险”，并疾呼“要给农民以国民待遇”之时，人们始而发现，村民自治的兴起与被称作“三农”问题的农村问题的再度凸显几乎是一个同步的过程，村民自治似乎并未能起到缓解“三农”问题的作用，由此，一度争论激烈的有关村民自治与农村经济发展关系的讨论停息。

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