诉讼程序方面的冲突：（1）诉讼管辖上的冲突 根据管辖理论和我国法律的有关规定，附带民事诉讼与行政诉讼必须属于同一法院管辖，并适用同一审判程序。然而，
民事诉讼法规定的民事案件的一般管辖原则是“原告就被告”，而
行政诉讼法规定行政诉讼一般由最初作出具体行政行为的行政机关所在地法院管辖。这就产生了一个问题：当附带民事诉讼的被告与行政机关所在地不同时，究竟由哪一个法院管辖？笔者认为，在行政附带民事诉讼中，当行政诉讼与附带民事诉讼发生管辖冲突时，应以行政诉讼管辖地为准。如果当事人就此提出异议，根据程序选择权原理，当事人完全可以另行单独提起民事诉讼；一旦当事人选择了行政附带民事诉讼的形式，就应以行政诉讼管辖地来确定管辖法院。（2）诉讼时效上的冲突 根据
行政诉讼法的规定，公民、法人或其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当在知道作出具体行政行为之日起3个月内提出。对于申请人不服复议决定的，可以在收到复议决定书之日起或复议期满之日起15日内向人民法院提起诉讼。逾期不起诉的，当事人将丧失胜诉权。
民法通则则规定向人民法院请求民事权利救济的一般诉讼时效为2年。这样，可能出现一种情形：某一行政机关作出的包括有关民事权益争议在内的行政裁决因行政诉讼时效逾期而生效，但民事诉讼部分的时效尚未逾期的情况。这时，附带民事诉讼是执行行政诉讼时效还是执行民事诉讼时效呢？笔者认为，由于行政裁决因行政诉讼时效已过即发生法律效力，其中行政机关对于民事争议部分的处理自然随同行政裁决一并生效，这时，当事人显然不能继续提起附带民事诉讼。因此，附带民事诉讼应当执行行政诉讼时效，但当事人单独提起民事诉讼的，则适用民事诉讼时效的规定。（3）审理方式、判决和上诉问题上的冲突 人民法院审理行政附带民事诉讼案件，一般情况下应由同一审判组织通过开庭一并审理、一并判决（即两案一判），但是，如果一并审理会造成过分迟延、影响行政诉讼结案的情况下，应当允许分别审理、分别判决（即两案两判）。行政诉讼与民事诉讼上诉审的审理原则有所不同，行政诉讼上诉审实行全面审查原则，而民事诉讼的上诉审则受上诉请求范围的限制。在行政附带民事诉讼中，如果当事人对行政附带民事诉讼中的两份判决分别提出上诉或者仅对其中一份提出上诉，自然应依照行政部分和民事部分分别适用各自相应的审理原则。但是，如果行政附带民事诉讼采取的是两案一判的情形，当事人提起上诉的，不管对判决的哪一部分提起上诉，因这种情况下行政争议与民事争议联系紧密，且为了维护当事人的合法权益，宜采取全面审查原则。（4）执行上的冲突 民事诉讼中，被执行人不履行生效裁判的，申请人可以申请法院强制执行：而行政诉讼的判决则可由人民法院和依法享有执行权的行政机关来执行。行政附带民事诉讼的判决应如何执行呢？作者认为，这应当根据判决的情况来确定。如果属两案一判的，应由人民法院来执行。如果属两案两判的，可以分别依照行政诉讼执行程序和民事诉讼执行程序的有关规定来决定执行机关。
