在《
村民委员会组织法》正式实施的第二年，中共中央组织部颁布了一个党内条例，即《
中国共产党农村基层组织工作条例》，该条例虽不具有法律效力，但在中国特殊的国情下，却发挥了比法律还要有效的效力。它在关于村党支部的主要职责第九条中明确规定党支部要领导村委会，有权“讨论决定本村经济建设和社会发展中的重要问题”。这成为了村党支部来确立自身领导地位的“法理”依据。但问题是，虽然它明确了二者的领导与被领导关系，貌似解决了问题，可它毕竟不是经过人民代议机关通过的法律，其合法性本身就是值得置疑的，村委会完全可以以全国人大常委会通过的法律——《
村民委员会组织法》赋予的管理、决策权来与其对抗。所以，该条例的颁布不但没有解决问题，还使得问题激化、变得更加复杂。试想，如果一旦突破司法管辖的藩篱，使得这类争议进入诉讼，该条例到时岂不要面临“非法”的尴尬？[4]
事实上，农村基层民主建设所遇到的问题正是当下整个中国民主建设所遇到问题的缩影。农村基层民主问题放大后就回复为一个全局性的问题，就是在整个国家范围内，如何统一中国共产党的领导和人民当家作主之间的关系。可以说，作为执政党的中国共产党对这一问题是有着清醒认识的。早在2002年的“五三一”讲话中，前中共中央总书记江泽民同志在谈到社会主义民主政治建设时就指出：“发展社会主义民主政治，最根本的是要坚持党的领导、人民当家作主和依法治国的有机结合和辩证统一。”[5]在同年底纪念82
宪法公布施行２０周年大会上，中共中央总书记、时任国家副主席胡锦涛在发表讲话时，也强调了“发展社会主义民主政治，最根本的是要把坚持党的领导、人民当家作主和依法治国有机统一起来。”并意味深长地指出“正确认识和处理好这三者之间的关系，才能把全党和全国各族人民的意志和力量进一步凝聚起来，意气风发、团结一致地去实现党的十六大提出的全面建设小康社会的奋斗目标，落实党的十六大对我国经济、政治、文化等各方面工作作出的部署。”[6]可见，党的最高层已经把这一问题的解决视作社会主义主义民主的根本点，将能否正确处理这一问题视作社会主义民主政治发展成败的关键点。
我们可以进一步分析解读，党的领导的合法性在于“三个代表”重要思想所指出的“我们党始终代表中国先进生产力的发展要求,始终代表中国先进文化的前进方向,始终代表中国最广大人民的根本利益”，尤其是在于最后“代表最广大人民根本利益”的落脚。这一切“当然”代表的基础又在于我们党对马克思主义科学真理的把握。正是基于对马克思主义科学真理的认识与把握，我们党才能始终做到“三个代表”。因而可以将我们党的领导的合法性称之为“真理合法性”。而“人民当家作主”则直白地体现民主合法性。这二者显然需要整合，惟有整合了这两种合法性，才能真正将党的领导和人民当家作主统一起来。但也显然，这一重大课题在全局上仍处于攻关状态，成功的解决方案还未浮出水面。
