作为保护物权的两大主体，相比较而言，行政机关和法院在保护物权时存在以下几点差异：（1）法院通常只能为物权提供事后保护，而行政机关既能提供事后保护，也能提供事先保护，通过登记来确认物权、在行政程序中设置听证程序都是行政机关为物权提供事先保护的典型方式；（2）两大主体对物权的保护还各有特点，行政机关能更及时、廉价的为物权提供保护，而法院的保护虽及时性不如行政机关，但法院的判决具有终局性，能为物权人提供最终的保护；（3）基于行政机关工作人员和法官知识结构的不同，行政机关在解决专业性和技术性的物权纠纷时显得更加得心应手。因此，与法院相比，行政机关对物权的保护在某些方面更有优势，而法院对物权的保护在人们心目中的公正性则又优于行政机关。
就《
物权法》中保护物权的规定而言，对物权的私法保护和公法保护相互补充、缺一不可。鉴于物权的私法保护通常属于民法学研究的内容，本文主要探讨对物权的公法保护。
首先，保护物权是行政机关的法定职责。除了《
物权法》中规定的行政机关保护物权的几种情形外，其它法律、法规还规定了行政机关保护物权的多种情形。例如，2005年《
治安管理处罚法》专门在第三章第三节对“侵犯财产权利的行为和处罚”作出了规定；1999年1月1日起施行的《土地管理法实施条例》第25条规定了专门的征地补偿安置争议裁决制度。鉴于行政机关保护物权具有上文提到的几种优势，而且众多法律纷纷规定了行政机关保护物权的职责，在当今政府职能转变的大背景下，行政机关应当转变观念，树立保护物权的意识和责任感，清醒的认识到自己负有保护物权的法定职责并积极的履行该职责，坚定不移的为私人物权和集体物权提供强有力的保护。因此，当物权人依法请求行政机关保护其物权或者行政机关发现物权人的权利受到不法侵犯时，行政机关应该启动行政程序，切实有效的保护物权人的权利。
其次，通过登记来确认物权实际上是对物权的事先保护。从不同主体的角度来看，事先保护具有不同的价值：（1）在登记作为生效要件时，受让人可以通过登记合法的取得物权，有效防止出让人在物权转让过程中的欺诈行为；（2）在登记作为对抗要件时，受让人可以凭借登记有效对抗善意第三人；（3）通过登记确认物权并公示物权信息后，任何人都可以放心的从登记权利人处受让物权。总之，不动产登记的主要作用在于通过确认物权来稳定物权关系，公示物权信息，进而保障不动产交易安全，达到为物权提供事先保护的目的。行政机关在不动产登记过程中，应当牢固树立服务意识和保护物权的意识，依法全心全意为物权人和物权登记申请人提供服务，落实对物权的事先保护。
再次，私人侵犯物权可能引发行政机关对侵权人的制裁。对侵权人的制裁实际上是对物权的间接保护，通过制裁侵权人可以防止侵权行为的再次发生。一般情况下，私人侵犯物权，产生的是私人之间的民事法律关系，物权人可以寻求行政机关或者法院的救济来排除私人的妨害或者弥补损失。但是，如果私人侵犯物权的行为同时违反了行政管理规范（事实上，这种侵权行为常常触及行政机关对经济和社会共同秩序的维护），那么行政机关出于保护公共利益的目的就应当对该侵权行为实施行政处罚。也就是说，私人的一个侵权行为，可能侵犯两种不同利益——物权和公共利益，引发两种不同性质的法律责任——民事法律责任和行政法律责任。例如，在尚不构成犯罪的盗窃案中，侵权人既要向物权人返还原物或者赔偿损失，又要接受行政机关的行政处罚。
最后，物权人对行政机关不履行保护物权的法定职责不服或者对行政机关保护物权的效果不满意时，可以申请行政复议或者提起行政诉讼，要求行政机关履行保护物权的法定职责或者赔偿损失。例如，1989年《
行政诉讼法》第
11条规定：“人民法院受理公民、法人和其他组织对下列具体行政行为不服提起的诉讼……申请行政机关履行保护人身权、财产权的法定职责，行政机关拒绝履行或者不予答复的……”。
