一旦行政法法官作出初步决定，行政程序法允许行政机关规定当事人在上诉至法院前先上诉至行政机关首长。行政机关可以按照自己的意愿规定上诉程序，例如：由行政机关首长本人复审，或者授权上诉官员或者上诉委员会复审，或者只复审选定案件而非全部案件，甚至可以允许所有初步决定成为最终决定。
　　行政程序法未规定上诉期限，而由法律和行政机关规章规定。上诉期限一般为30天，也有申请延期的可能。行政机关首长拥有“如同作出初步决定时的同样权力”，除非在案件中有重要的证人可信度或行为的证据问题，他可以推翻行政法法官的裁决。在司法审查中，法院会同时审查行政法法官和行政机关首长的决定。在美国，行政机关享有制定规章、进行调查、起诉以及裁决等多种权力，这必然会引发公正性问题。解决问题的办法在于行政机关内部实行职能分离，比如行政法法官与调查人员、起诉人员分离，行政法法官不得与任何当事人或个人就争议事实展开讨论，或者行政法法官不得受到调查人员或者追诉人员的监督等等。除公开审理的案件外，调查人员或者起诉人员不得参与其办理的案件，或有事实关联的案件，或在此类案件中就案件决定或审查提供咨询意见。在正式裁决中，行政程序法禁止行政机关外部与“该案的是非依据问题”的决策官员之间的一切联络。当事人可以存在偏私为由指控行政法法官，偏私的情形包括：（1）存在偏向或反对当事人的个人偏见；（2）对问题有先入之见；（3）裁决结果与其有个人利害关系。在上述情形下如果行政法法官自己不回避，法院会要求其回避。
　　许多行政机关尽量把行政法法官和行政调查人员分开办公，并想方设法防止行政法法官和一方当事人进行单方面沟通。如果行政法法官和调查人员就案件的是非曲直或者重要内容进行单方面沟通，则必须要向上汇报，并且记录于案件档案中，还要对外公布。如果法官和一方仅就某个程序问题展开讨论，则没有上述要求。为了允许行政机关改正自身错误和减轻法院负担，防止法院“过早”介入，或“不必要”介入，法院一般要求先穷尽行政救济，然后才能申请司法审查。司法审查时，通常由司法部派人代表行政机关出庭，行政法法官不参与司法审查程序。法院根据行政记录审查行政机关的决定，以实质证据为准则。据统计，以社会保障署某年处理的行政案件为例，一开始向其提出的请求或者申诉有400万件，等到行政法法官裁决的有50万件，最后到法院的只有1.2万件，超过99%的案件在行政机关内部得到了解决。

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