（三）政府引导不到位和中介机构的缺位制约了农村土地市场的发育
当前农民在土地流转中尚处于自发阶段，缺乏政府引导和中介服务组织。这导致了农村土地流转范围狭窄，内容简单，制约了农村土地市场的发育。
（四）缺少农地价格评估制度导致农村土地市场的价格体系不完善
目前尚未建立农地评估制度，导致在土地转让、买卖和抵押过程中出现了一系列不规范现象。例如，政府在征用土地时给村集体补偿款数额远远低于土地市场交易价格。
三、登记制度不健全是制约农地承包经营权流转的程序性因素
从物权的角度来说，公示制度是我国需要尽快建立和完善的制度，在公示方法中，最重要的就是不动产的登记制度，可以说，完备的登记制度是财产交易有序化的必要条件。农地承包经营权做为一种不动产使用物权，登记的意义极为重要。相对而言，农地承包经营权的登记是普遍不受重视的。从目前法律、法规的规定可以看出土地承包经营权登记存在以下几个问题：一是承包经营权的设立在法律上未规定以登记为要件，仅以合同成立为要件。这与物权法中不动产物权都需要通过登记才能设立的规定相违背，这也是土地承包经营权登记制度不健全的法律起源。二是对土地承包经营权的变更登记仅以当事人自愿为主，未经登记变更的土地承包经营权的法律后果仅为不能对抗善意第三人。三是土地流转较频繁的经济较发达地区，一旦发生土地承包经营权转让而没有及时办理登记手续，则以后的受让人就有可能难以与转让人从事正常的交易，其受让的权利也可能遭他人剥夺，甚至会发生在转让中的上当受骗。
四、部分权能的缺失是制约农地承包经营权流转的功能性因素
2003年施行的《
农村土地承包法》中，对土地承包经营权流转做出了专门章节的规定，通过家庭承包取得的土地承包经营权可以依法采取转包、出租、转让或其他方式流转。但对土地流转做出了三个方面的限制，一是采取转让方式流转的，需要经过发包方同意；二是我国继承法不允许土地承包经营权的继承；三是没有规定土地承包经营权可以抵押；同时《
担保法》第
三十七条第（二）项规定耕地、宅基地、自留地、自留山等集体所有土地使用权，原则上不得抵押。
禁止承包经营权转让的弊端是显而易见的。一是转让权是使用权人权利的重要组成部分，禁止承包经营权转让实质上是剥夺了农民生产经营自主权，使其强行束缚在土地上，不可能通过彻底处分土地使用权而另谋出路，这无疑会强化现行的城乡二元结构以及户籍制度，客观上阻止了农村大量剩余劳动力的转移，延缓了农村城市化进程。二是农业是投入大产出慢的产业，法律应当允许土地承包经营权自由转让，以此来保障承包经营权人的长期农业投入能够通过转让来回收，增强其投资农业的信心和积极性。三是禁止土地转让不利于农业的规模化经营，仅仅是将土地承包经营权物权化并不能改变以一家一户为基本生产单位的格局，这种细碎化的土地占有形式需要通过转让来使不愿意耕种，不擅长农业经营的农民将其土地使用权流转给愿意耕种，有专门技术，擅长农业经营的农民，通过规模化经营，获得规模效益。四是如果转让土地承包经营权须经发包方同意，实际上限制了土地使用权利的自由流转，为以行政或准行政手段配置土地资源留下太多余地，这也不符合现代市场经济体制对农业资源（土地资源）配置方式要求。
