（五）人民法院审理确认案件，被确认违法行使职权的人民法院不具有申诉权。赔偿请求人在被要求的机关不予确认时，有权申诉。被确认违法的义务机关没有申诉权。
（六）人民法院确认违法的裁定实行“一确终局”制，确认申请人可以据此申请赔偿。确认申请人不服不予确认违法的裁定，可以在规定时限内提出申诉，上级人民法院必须受理。这种申诉上诉化的结果形成了“二确终局”。有的案件可能出现部分确认、部分不确认的情况，只要确认申请人对不予确认部分提出申诉，都实行“二确终局”。
（七）指令其他同级人民法院重新确认制。上级人民法院发现下级人民法院审理的确认案件确有错误的，“可以指令其他同级人民法院重新确认”。
（八）人民法院审理确认案件使用裁定书，不再使用决定书。确认案件是人民法院审判工作的重要组成部分，要对原作出司法行为的事实和法律依据进行审理，确认已经做出的司法行为的合法性。如果原裁定违法，应当予以撤销，而决定书的效力低于裁定书，不能撤销原裁定书。因此，最终决定确认违法或不违法的案件使用裁定书，不再使用决定书。
（九）从宽解释审理期限，尊重审理确认案件的规律。审理确认案件的期限是：一确期限为6个月，经过批准可以延期3个月；二确为3个月，经过批准可以延期3个月。为了使各级人民法院审理确认案件尽可能地在审限内审结，尽量不发生超审限问题，最高人民法院审委会对审理期限从宽做出解释。同时，为杜绝超审限不做出确认的情况，明确规定了书面申诉、指令裁定或者自行审理制度。
（十）人民法院审理确认案件应当审查的主要内容。《若干问题的规定（试行）》规定了立案审查和实质审查。第3条规定了应予立案的条件，第4条规定了不予受理的情形，第9条规定了应当进行实质审查的内容。
（十一）人民法院审理确认案件应当确认违法的情形。《若干问题的规定（试行）》第11条列举了14种情形，并规定了确认申请人认为其合法权益被侵害并造成损害的其他情形的处理程序。实践中，如果出现条文中无明确规定又必须确认违法的情形，可以适用司法解释第11条第15项“违反法律规定的其他情形”做出确认。
（十二）人民法院审理确认案件的审级管辖制。将申请确认基层法院司法行为违法的案件提到中级法院审理，基层人民法院不再受理确认案件。《
国家赔偿法》第
20条第2款规定：“被要求的机关不予确认的，赔偿请求人有权申诉。”不服中级人民法院不予确认裁定的可以申诉到高级人民法院，不服高级人民法院不予确认裁定的可以申诉到最高人民法院，受理申诉的人民法院必须受理并做出裁定。
