其次，法制办工作重点没有放在与关部门协调解决影响仲裁发展的普遍性、共性问题，而是过多放在仲裁机构内部事务管理上。从1998年开始，法制办下了几个文件，仲裁委员会领导五个人以上、两个以上的仲裁机构组团出国要其审批，仲裁机构选聘港澳台地区人担任年仲裁员要经其审批，仲裁委员会换届，其成员名单也要报其审批。而且，文件把这些审批行为称之为“复核”、“研复”，这些用词很有讲究。《
行政许可法》出来了，行政许可事项必须是法律规定的事项，所以不用“审批”这个词。而且，“复核”“核准”事项，由将来的仲裁协会去做，仲裁协会没有成立之前，是由法制办暂时代行。如果直接规定由法制办履行不符合《
行政许可法》规定。依法行政的重要的原则是行政机关行使权力要有法律依据，否则是违法。这样规定，表面上是给协会设定的权力，实质上还是由法制办行使。这与行政机关下文为自己设定权力的做法本质是一样的。另外，
仲裁法对协会对会员的监督范围是有限定的——根据“章程”对仲裁委员会及其组成人员、仲裁员的“违纪”行为进行监督，上述内容突破了法律的规定。而且，协会未成立，法制办直接下文赋予协会上述权力也不符合法律程序。这些审批行为在发现问题和解决问题上也没有任何实际意义。
其三，法制办在负责仲裁协会筹建过程中，有将协会筹建成行政性行业管理协会倾向。2001年法制办搞了一个协会筹建方案，当时方案里规定，对我国境内的仲裁活动进行统一管理，协会会同商会和政府有关部门要对仲裁机构工作进行考核。协会的业务主管机关为法制办。这个方案受到许多专家学者的批评。2006年，法制办协调司组织起草了协会章程草案。规定协会的职责是“负责仲裁行业的统一管理”。法制办组织
仲裁法修改草案中，也修改了仲裁协会职能，规定协会“负责行业统一管理”。尽管章程草案和
仲裁法修改草案没有明确协会“负责行业统一管理”的具体内容，但从其过去颁发的文件和准备颁发的文件（2004年初，法制办协调司还草拟了一个关于加强仲裁委员会财务管理的通知草稿，准备与有关部门会签。该通知里面规定“仲裁员、仲裁委员会组成人员的报酬在仲裁委员会收取的案件受理费所占的比例和外籍仲裁员的报酬标准，及事业支出范围和标准的调整”等事项，由“未来中国仲裁协会”“具体确定”）看，统一管理的内容，还是集中在涉及仲裁机构自主权的微观管理。这种指导思想不仅违反
仲裁法，也违背了党的“十七大”提出的 “加快推进政企分开、政资分开、政府与事业组织的分开”，“减少和规范行政审批，减少政府对微观经济运行的干预”精神。而且，将行业管理的权力集中在一个机构，不利于“防止政府有关部门、处室和个人权力、利益通过法律和法规合法化，形成寻租腐败、障碍经济发展和低经济效率的条件和体制。”，不符合“分权和放权”建立“适应社会主义市场经济的权力合理配置”（引自《建设一个民主和法治的现代化国家》——中国政治体制改革研究报告总论中央党校课题组政改报告 周天勇执笔）政治体制改革方向。
其四，对深化仲裁机构体制改革的工作指导存在严重问题。去年7月中编办推出了《关于事业单位分类及相关改革的试点方案》(征求意见稿)，选择浙江、山西和重庆三省市作为试点地。“事业单位”是计划经济的产物。国际上没有相同的分类法，国内起不到应有的分类作用。由于事业单位五花八门（有行政机关，企业，也有公益性组织等），出台任何相关政策，都会顾此失彼。所以中央决定事业单位改革先从事业单位分类开始。首先按不同性质划分事业单位:共分行政性事业性的单位(经法律授权行政某项政府职能但编制属事业的单位，如城管大队、卫生防疫站等)、公益性的组织（如医院、学校、福利院）、还是企业型(有实际研发生产能力的科研所、设计院)三大类。行政性事业单位并入行政机关或按行政机关管理(公务员管理体制)。如果企业型的转为企业。如果是公益性组织进一步细分，能够实现市场配置资源，部分实现资源配置和不能实现市场配置资源（如像福利院等）。能够实现市场配置资源，通过服务有收入的，国家将按照“脱钩、分类、放权、搞活”的路子，“改变用管理党政机关工作人员的办法管理事业单位人员的做法，逐步取消事业单位的行政级别，不再按行政级别确定事业单位人员的待遇”（见中共中央组织部、国家
人事部《关于加快推进事业单位人事制度改革的意见》）促使其变机制，提供优质高效服务，满足社会需求。不能实行市场资源配置的公益型组织，国家财政给予资助。
仲裁法实施初期，因国务院办公厅文件规定政府“参照”有关事业单位解决仲裁机构经费编制等问题，因此，仲裁机构绝大部分定为“事业单位”。因为现行体制下，各项政策要对号（性质）入座，没有“参照”系列，是什么性质，就什么性质，“参照”实际就是“按照”。随着事业单位改革的深化，这些作为事业单位的仲裁机构性质也要进一步分类，如果将仲裁机构定为行政性事业单位，则将来并入行政机关或作为行政机构实行机关化管理，如果定为公益性组织，则按照有关政策转变机制，财政视情况给予必要补贴，机构逐步自收自支。
