2、土地承包经营权人对农地使用权的处分受到过分限制。因为《
农业法》规定，只有在发包方同意的前提下，承包权人才可转包或转让土地承包经营权。
3、目前法律许可的农地使用权流转的方式仅限于转包、转让等几种，流转方式单一，对于现实生活中常见的出租、入股、抵押等未予以详细确认和规范，表现出了一定的滞后性。
4、对承包地的分割转让过于放任，易造成农地在转让过程中越分越细，不利农村稀缺资源优化配置，不符合农业现代化、产业化趋势。【1】
对于这种现状，有人提出我国农村土地流转是一项基础性的制度，其制度创新的难点，并不在于设计一套流转规则，而是难以逾越现行法律的制约。创造更多的土地权利类型，是创新农村土地流转制度的关键。现行的以农民生存保障为基础建立的农村承包土地经营权，以农民的生存保障为基础，以社会公平的价值理念为目标，这本来就不是以市场交易为目标而设计的。因此，现行的农村土地承包经营权的流转，在
公司法的范畴下，很难逾越法律上的四个障碍：
一是与
公司法中有限责任公司股东人数最高限制相冲突。我国公司法规定的有限责任公司股东最多不超过50人，但许多集体经济组织以承包土地使用权为核心的股份制改造，其土地承包经营权的集体成员，远远不止50人。
二是与
公司法中不得撤回投资的原则相冲突。土地承包经营权人将土地使用权作价入股，仅限于30年承包期的土地承包经营权扣除已经使用的年限后的剩余年限的权利。本轮土地承包期届满，另一轮土地承包重新配置土地权利时，承包土地必须依法在重新配置权利时的集体成员中重新进行分配。因此，依据
公司法运行的权利与依据土地承包法运行的权利始终无法对接。
三是与
公司法的出资规定相冲突。按照《
公司法》的规定，公司注册资本的实物出资应有一定的比例限制，现金资本一般不低于30%，而现行多数农村集体经济组织的股份制改革，几乎全部以土地承包经营权实物形态出资。
