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其次，相比而言，《班吉协定》中所授予的专利是真正意义上的跨国专利。按照协定的规定非洲知识产权组织总部设在喀麦隆首都雅温得（以下简称“雅温得总部”），雅温得总部负责对专利申请案的审查、批转及公布。根据协定授予的专利在各成员国产生跨国专有权，而欧洲专利授予后只在指定国有效；依照协定各成员国对专利作出的最终司法判决（如判定专利有效和无效）对其他成员国都有约束力，而成员国针对欧洲专利的判决只在本国产生效力。
再次，与欧洲专利采实质审查原则不同，《班吉协定》对专利申请基本上只进行形式审查，在审查过程中没有公布申请案与征求第三方意见的程序，也没有批准前或批准后的异议程序。只有在第三方提出无效诉讼时，才由司法机关进行实质条件的认定。
最后，关于期限的规定也不同。欧洲专利的保护期限是20年。《班吉协定》附件1关于专利保护期比较特别，一般专利保护期是10年，从专利申请案正式提交之日起10年，如果专利在前10年中实施了则可以续展一次，展期为5年。如果在展期内仍旧实施，在特殊情况下，专利权人仍可以申请再次续展，得到雅温得总部批准后可再次获得5年的续展期。
总之，《班吉协定》与《欧洲专利公约》有许多不同之处。前者主要是由科学技术落后和经济欠发达的非洲发展中国家缔结的协定，而后者的成员国主要是欧洲发达国家，科技实力强、经济较发达；前者每年授予的跨国专利非常少，而后者授予的欧洲专利数量较多；前者在注重保护专利权人权利的同时，不可避免的要考虑到维护本国利益，防止外国企业利用专利技术进行垄断，扶持民族产业。基于以上基本情况以及各自历史文化的不同考虑，两公约设计的跨国专利制度有很大的不同。总体上来说，根据《班吉协定》授予的跨国专利比欧洲专利更具有跨国专利的实质特点；而由于采取实质审查原则，欧洲专利的可靠性会更强。
（四）结论
《欧洲专利公约》的签订和生效以及欧洲专利局的建立成为欧洲协调地区性专利制度历史上的一个重要阶段。公约在以下几方面较之以前的协调取得了一定的进展。（1）授权的统一。公约建立了由唯一的欧洲专利局根据该公约及其实施细则的统一授权机制，至少在申请授权阶段帮助发明人解决了授权不一而导致的困境，大大提高了授权上的确定性。（2）各成员国国家专利局负担的减轻。根据公约，发明人如果选择申请欧洲专利的途径向国外申请专利，将由欧洲专利局承担审查授权任务，并经在指定国履行登记手续后将产生指定国国家专利局授权后同样的效力，从而大大减轻国家专利局的负担，也有利于提高审查授权的速度和质量。（3）专利申请成本的节约。根据公约，申请人如果希望自己的发明在公约的几个成员国内获得专利保护并选择了申请欧洲专利途径，只需向欧洲专利局提交一份申请并指定相关的成员国，履行一次程序，支付一次相关的申请费用，经审查授权后将在这些指定国内产生国家专利同等的效力，从而大大缩减了申请人获得多国专利保护的成本。
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