香港科技大学图书馆预见到由于某种情形而有必要移除机构库内文档情况的出现，一俟作者提出移除文档的特殊要求，本机构库即决定移除该文档，不使其在库中再次出现；但本机构库将保留该文档的历史纪录，并在元数据纪录中对此予以注明。由于本机构库内所有文档已经存在一段时间并可能已被引用过，因此，本机构库将为被要求移除的文档提供一个“碑文”，在指向该文档的链接处提供一项移除声明。被移除文档的元数据是可见的，但不能被搜索，因而这些文档将不能被元数据收割软件所获取。
　　与前述版权声明类似，在许多大学机构库推出的版权协议中亦含有相同内容，只是表述更为规范、全面和具体；在格式上也更符合一般民事合同的形式要件。如美国加利福尼亚州立大学图书馆主办的机构库eScholarship　Repository在其拟定的版权协议中即明确申明自己的权利：提交人（Depositor）赋予机构库一项非专有的、永久的非商业性使用数字资产的权利，这些权利包括但不限于：①数字资产的电子浏览和显示，包括在教室展示；②以各种介质的版式和格式发布数字资产；③以联合或者合并方式将数字资产编入含有其他数字资源的各类数据库中；④为保存之目的和保证将来的访问利用而以电子方式储存、归档、复制或者转换成数字资产；⑤丰富本机构库数字资产以提高其服务能力。
　　协议还规定提交人应承担如下义务：①权利瑕疵担保义务。提交人已妥善解决其作品所涉版权问题，如已从创作者处获得必要的版权保证；②通知义务。如已提交保存的数字资产权利被再次转让，提交人应于30天内通知机构库；③应诉义务。提交人如违反担保义务致使其提交机构库的资料被第三方主张权利或者机构库及其他用户因使用该资料而被诉侵权，则应由提交人应诉答辩并就本机构库及其所属管理人员、雇员和代理人行为的无害性负举证责任；④赔偿义务。赔偿由此造成的损失，包括合理的律师费用。
　　就机构库的权利和义务，协议规定机构库对作者提交保存的数字资产承担如下义务：①善意管理义务。机构库应尽善良管理人之注意义务，合理、恰当地管理数字资产，并以适当方式从事开发，使其可永久地为非商业性用途而利用；②版权通知义务。尽合理努力遵守并通知最终用户注意提交人数字资产的版权声明和使用限制；③协助义务。如遇数字资产涉及版权争议，应与提交人合作以确保替代或者移除该资料；④禁止商业性使用义务。如将数字资产用于商业性目的，应事先获得提交人或者版权所有人明确的书面许可。机构库享有的权利主要有：①免费使用权。接受和为非商业性目的使用提交人的数字资产而无需向其或者版权所有人支付版税；②作品监护权。对先前已为本机构库接受的数字资产因提交人解散而不能将其正式转交其他机构保管时，对该“孤儿”资料承担监护责任；　③资料保管免责权。基于机构库对作者提交保存的数字资产的物理完整性已作出适当关照，因而本机构库对该数字资产的丢失或者损坏不承担赔偿责任。
　　3.2.　作者协议文本

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