公务员聘任制与政府雇员制都是为了更好的实现公共管理和服务职能，但有以下区别：
（一）制度的层次不同
公务员聘任制是任用公务员的一种人事管理制度，是一种特殊的公务员制度，仍然属于公务员制度的范畴。聘任制公务员的身份是公务员，而政府雇员则不具有公务员身份，他们不具有行政职务，不行使行政权力，不占用政府行政编制，服务于政府某项工作或某一政府工作部门。[6] 在我国有些地方，比如江苏、深圳、北京等地，允许部分政府雇员担任一定行政职务、行使相应行政权力，结果却出现了尴尬的境地，行使行政权力的政府雇员面临职责尴尬。③ 此类政府雇员不是真正的政府雇员，而实际上是公务员，相当于聘任制公务员。公务员制度是当代中国政治制度的重要组成部分，是政府选人、用人、管人的重要制度，是我国政府人力资源法治化的主体构成。公务员聘任制作为一种特殊的公务员制度，已为我国法律正式规定。而我国目前各地推行的府雇员制度还不成熟，关于政府雇员制的法律法规还处于空白，国家没有统一的政策和规定，实施政府雇员制的地方政府虽制定了相关的规章制度，但都是说法不一，在许多方面存在差异。政府雇员制是为了满足政府机关某些岗位对特殊性、临时性、辅助性人才的需求，是“为适应我国加入世界贸易组织后政府工作对某些人才的特殊需要”。[7] 政府雇员制只是我国部分省级以下地方政府的政策，是地方政府对人事制度的创新。政府雇员制在制度层次上明显低于公务员聘任制度，政府雇员制还只是我国政府人力资源管理法治体系补充制度。
（二）制度的具体内容不同
首先，政府雇员的录用比聘任制公务员的录用更为灵活。政府机关在拟订和审订招聘计划后，可以根据招聘岗位的不同性质采取专家推荐考核、公开考试、个别选考等多种方式进行招考，人选确定后以签订劳动合同的形式办理雇用手续，经试用合格即可成为正式雇员。其次，政府雇员的合同期限一般为1—3年，有的甚至不到1年，时间比公务员聘任期限更短。如吉林省规定雇员合同期限一般为1—3年，其中试用期为3个月。试用期合格的继续雇用，不合格的要及时解雇。有些临时性的工作，也可以按照课题或者项目，签订1年以下的雇用合。[8] 第三，工资、保险、福利不同。聘任制公务员在工资经费限额规定内实行职级工资制，同时按有关规定享受地区津贴和其他津贴，实行定期增资制度，并按照国家规定享受保险和福利待遇，是一种刚性的薪酬体系。政府雇员大都实行年薪制，其金额大大超过或超过公务员的薪金水平，如珠海市的政府雇员年薪标准分为6档，普通雇员执行1—3档，高级雇员执行4—6档，其最高年薪可达10万元。[9] 政府雇员在受雇期间由雇佣单位按照有关法律法规为其办理社会保险，一般不再享受其它福利待遇。[10] 第四，管理方式不同。机关依据
公务员法和聘任合同对聘任制公务员进行管理，其管理主体主要为各级人民政府及其人事行政部门，而政府雇员主要按照与劳动或合同相关的法律以及签订的雇佣合同来管理，与雇佣单位发生纠纷申请劳动仲裁而不是人事争议仲裁，提起诉讼也只是民事诉讼，而不是行政诉讼。
