第二，部门法哲学研究，无论是法理学者进行的研究，还是法律学家进行的研究，其理论资源、研究方法、研究范式和理论关怀，主要是法哲学的或来自法哲学。正如澳大利亚法哲学家坎贝尔在由其总主编、由Ashgate Publishing Company出版的应用法哲学（Applied Legal Philosophy）丛书的序言中所说，应用法哲学是这样一种哲学：它们采用理论方法（theoretical approach）去研究法律的特殊领域或特殊方面，或者以聚焦法律环境中的道德关怀或政治关怀的方式来处理法的一般理论问题。应用法哲学在研究方法上具有哲学属性，同时又以法律知识为基础，致力于对现实法律和法律制度的批判和改革。 部门法哲学固然可以划分为
宪法哲学、行政法哲学、
刑法哲学、民法哲学、商法哲学、环境法哲学（生态法哲学）、诉讼法哲学、国际法哲学等，在这个称谓上，似乎可以说它们分别属于各个部门法律学，是某个部门法律学的组成部分。但是，作为一个统一的、共同的称谓，部门法哲学是法哲学的延伸。可以说，部门法哲学的反思性研究必须运用法哲学的理论框架，采用法哲学的研究范式和方法。
当下，困扰部门法哲学发展的因素之一，是一些部门法律学者把部门法哲学作为部门法律学研究的一部分，试图用部门法律学自身的理论资源实现对部门法律学的基本范畴、基本原理、基本命题的批判与重构，因而其研究成果带有太多的部门法律学的痕迹，缺乏理论升华和突破。毋庸置疑，部门法律学的理论空间对于其自身的反思是十分有限的。应当清楚地看到，在涉及某一或某些法律存在的合法性或价值基础、各个部门法的基本原则、对部门法律学基本命题的反思及前提批判这样一些根本问题上，部门法律学难以为反思及前提批判提供其所需的参照系。部门法律学自身的理论空间不足以容纳对其自身的批判的展开。因而，部门法哲学的研究必须跨越各个法律部门和部门法律学的樊篱，寻找更加开阔的理论空间。这个理论空间就是法哲学。
把部门法哲学定位于法哲学的组成部分，并非是要否定法律学者从事法哲学研究的正当性，更不是否定他们既有的部门法哲学研究成果，而仅仅是强调部门法哲学研究主要以一般法哲学的理论为其学术资源，以法哲学的研究方法和范式作为其方法和范式，部门法哲学应当采用法哲学的理论框架和话语系统。部门法哲学是从事理论法学研究和教学与从事部门法律学研究和教学的人们共同的学术空间、共同的学术平台，是把两部分人在知识上团结起来的学术桥梁或学术隧道。需要指出的是，从事法律学研究和教学的学者一旦对自己面对的问题采用法哲学的方法加以反思和追问，他就是超越了常规的部门法律学而进入到法哲学领域。正如哲学家孙正聿在论述“构成思想”与“反思思想”的关系时所说：“问题在于：当着人们在各种不同的活动领域中自觉地提出上述的‘前提’问题，并试图对这些‘前提’问题进行理论的反思和给予理论的解释时，就超越了自己的特定的研究对象和研究领域，而进入到了哲学的问题领域，进行了哲学的‘反思思想’的活动。”
